若公司擅自扣除员工薪资，可寻求劳动争议调解委员会帮助，或者直接诉诸至法院。
企业仅因合法或依法依规的原因扣除职工薪水时，无需支付补偿金；
但如无正当理由而违法扣除薪资，则需先通过协商解决。
若协商未果，可向劳动争议调解委员会提出投诉请求；
若对调解结果不满，可以选择提交仲裁机构仲裁，也可直接向人民法院提起诉讼。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》第八十五条
用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；
劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；
逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：
（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；
（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；
（三）安排加班不支付加班费的；
（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
