简单重复序列（Simple Sequence Repeat，SSR）是一种微卫星DNA，其核心序列由1至6个碱基组成，其中最常见的是双核苷酸重复，如(CA)n和(TG)n。SSR具有高度多态性，主要来源于串联重复单位数目的不同。通过设计微卫星序列两端的互补序列引物，利用PCR扩增技术扩增微卫星片段，再通过凝胶电泳分离PCR产物，根据片段大小确定基因型并计算等位基因频率。在真核生物中，存在许多2-5个碱基的简单重复序列，称为“微卫星DNA”。这些序列两端的序列高度保守，可设计双引物进行PCR扩增，揭示其多态性。
SSR具有以下优点：检测到的是单一的多等位基因位点；微卫星呈共显性遗传，可鉴别杂合子和纯合子；所需DNA量少。在采用SSR技术分析微卫星DNA多态性时，必须知道重复序列两端的DNA序列信息。如不能直接从DNA数据库查寻，则需对其进行测序。
根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为三种类型：完全型（核心序列不间断重复）、不完全型（在核心序列之间有3个以下的非重复碱基，但两端连续重复核心序列重复数大于3）和复合型（两个或两个以上串联核心序列由3个或3个以上连续非重复碱基分隔开，连续核心序列重复数不少于5）。完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
SSR广泛分布于各种真核生物的基因组中，大约每隔10～50kb就存在一个SSR。在植物中，平均每23.3kb有一个SSR；双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物，前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb，后者为.6kb；核DNA中的SSR数量多于细胞质DNA中的SSR，绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区，3碱基重复型多位于编码区。
微卫星的利用价值在于其核心序列重复数不同，等位SSR位点可呈现出多态性（SSLP，简单序列长度多态性）。大多表现为共显性遗传，有的表现为显性遗传。由于SSR DNA两侧序列（离开20bp以上）表现出保守特征，所以可设计出上下游PCR引物，扩增出包含SSR的DNA序列。微卫星分析常用于：遗传图谱构建；种质鉴定；遗传多样性分析；标记辅助选择；基因定位；数量性状基因座分析；系谱分析；亲源关系鉴定等。
SSR引物的来源包括：借鉴其他近缘种序列；通过筛选文库、测序开发自己的SSR引物；通过核酸数据库查询，从已有序列中搜寻包括SSR的序列并设计引物。
SSR分析实验的主要技术环节包括：提取DNA；PCR扩增；电泳及显色；电泳胶板带型的照相、记录；数据分析处理。PCR产物分离的电泳方法主要有：高浓度琼脂糖电泳；变性聚丙烯酰胺序列胶电泳；非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。由于扩增的片段短，基因间的差异小，通常使用分辨率高的聚丙烯酰胺凝胶电泳。考虑到在非变性胶上会出现人为假象，如导致SSR杂合子中出现3-4条带，而不是正常的2条带，从而干扰等位位点统计，建议在SSR分析中均采用变性胶电泳。
