无菌室是专门用于微生物指标检查的实验室，不允许进行其他试验。无菌检查用无菌室与微生物限度检查用无菌室应当各自，药品和食源性样品检查用无菌室也应保持。
无菌室需配备无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度需达到10000级，工作台洁净度需达到100级。设有连锁式传递窗口，确保人流与物流的分离。空气净化层流系统能够保证洁净室与室外压差大于10Pa，相邻洁净室不同级别的压差需大于5Pa。
试验时，室内温度应控制在18～26℃，相对湿度在45～65%之间。无菌室内外环境应保持清洁，无污染源。室内仅存放必要的检验用具，摆放整齐，保持清洁，严禁堆放杂物。
检验人员必须持有本岗位上岗证，方可从事无菌检验及微生物检验工作。每次实验前，需使用消毒液（如2％的甲酚溶液，75％的酒精，0.1％的新洁尔灭溶液等）擦拭无菌室工作台面及可能污染的死角，开启空气净化设备和臭氧发生器杀菌1小时。
进入无菌室的检验人员不得化妆、戴饰品、留指甲，经洗手、消毒及更衣后方可进入无菌室。每次进入无菌室的人数不得超过2人。实验用物品须灭菌或经消毒处理后，放入传递窗，开启净化设备及紫外灯照射30分钟后，方可移至无菌室操作间内。在操作间内除去物品的外包装后，在百级工作台内进行试验。
操作人员应严格按照无菌操作规程进行操作。若出现样本污染环境及衣物等情况，应及时消毒处理。试验后及时进行清场，将移入的物品及废弃物全部移出，清洁工作台面及地面，并进行消毒处理，继续开动空气净化系统及开启紫外灯杀菌30分钟。
阳性对照菌的接种应在专用的菌种接种室（生物安全柜）内进行操作，各种菌均不得带入无菌室。带菌的或可能染有菌的物品，必须高压灭菌后方可洗刷。
无菌室每半年需检测一次室内的洁净度（尘埃粒子、浮游菌、压差、温度、湿度、换气次数），检验人员每次试验时监测百级净化工作台的沉降菌，均应记录并符合规定。否则应立即彻底消毒灭菌或更换过滤器。直至重复检查符合要求，方可使用。
每次实验结束应做好无菌室使用及监控记录。
