独立净身器在使用时，首先在如厕后，利用厕纸做初步清洁，随后移动到净身盆附近。打开水龙头，根据个人情况调整水压和出水方向，避免水流过大打湿衣物。初步熟悉后，可以选择面向或背向墙面就座，开始进行冲洗。初次尝试时，可能需要几次练习才能找到最舒适和有效的冲洗角度。
对于盖板式净身器，如厕后无需起身，直接冲水，然后打开右侧净身器开关，选择适合的喷头。一些产品配备两个喷头，一个用于清洗臀部，另一个则专为女性设计，用于清洗下身。接着，根据个人偏好调整水温和出水力度与方式，出水方式包括水流、轻柔喷雾或旋转式，有些喷头还可以左右摆动，提供更好的清洁效果。
清洗完毕后，可通过开关启动烘干功能，确保干燥。使用完毕后，利用喷头清洁功能进行自我清洁，确保下一位使用者的安全与卫生。
对于女性用户来说，使用净身器时需特别注意，避免将肛门处的污物冲洗至生殖器部位，以免引发感染。
