甲流与普通感冒在症状上的区别十分显著，可总结为十个方面。甲流的主要特点是发病迅速，通常在3-6小时内体温会急剧上升至37.8度以上，并伴有全身性的肌肉酸痛。超过80%的患者会经历严重的头痛。尽管没有流鼻涕，咳嗽和喉咙痛的症状却较为常见。较少出现打喷嚏的情况。高烧会持续3-4天，同时伴随着严重的全身性肌肉酸痛和关节疼痛。大多数人还会出现发烧恶寒的症状，持续感到极度疲劳和虚弱。扁桃腺不会肿大，但会有严重的胸部压迫感。
而普通感冒的症状则较为温和，逐渐出现发烧和全身肌肉酸痛。头痛症状较轻，有流鼻涕和咳嗽现象。偶尔会出现高烧，全身肌肉酸痛和关节疼痛。偶有恶寒，轻微的疲劳感。扁桃腺会肿大，但没有胸部压迫感。一般感冒还可能伴随轻度胃肠道症状，如鼻衄、食欲不振、恶心、便秘或腹泻。
甲流的潜伏期一般为1至3天，从数小时到4天不等。患者会表现出急性发热，全身症状明显但上呼吸道症状相对较轻，包括畏寒、发热、头痛、乏力、全身酸痛等。体温通常会达到39至40度，并持续2至3天后逐渐下降。随着症状的逐渐缓解，鼻塞、流涕、咽痛和干咳等症状变得更为显著。
值得注意的是，甲流可能导致严重的并发症，如继发性严重肺炎、急性呼吸窘迫综合症、肺出血、胸腔积液、肾功能衰竭、败血症、休克和呼吸衰竭，甚至多器官损伤，这可能加重患者原有的基础疾病，直至危及生命。
