根据《烟草专卖许可证管理办法》，第四十五条规定，如果在一年内被烟草专卖行政主管部门或其他执法机关处罚两次以上的，发证机关有权责令持证人暂停烟草专卖业务，进行整顿，直至取消其从事烟草专卖业务的资格。
具体而言，该规定中的“因违法生产经营烟草专卖品一年内被烟草专卖行政主管部门或者其他执法机关处罚两次以上”是指在一年内，持证人如果被查到两次违法经营烟草专卖品，烟草机关就有权对其进行处罚。
因此，如果在一年内被查到两次违法经营烟草专卖品，即使数量不多，烟草机关也可以依据该规定收回烟草证，进行整顿。
然而，在实际操作中，持证人如果只是在一年内被查到两次违法经营，且违法数量较少，是否应当直接收回烟草证，还需要具体分析持证人的具体情况以及违规情节的严重程度。
例如，如果两次违法经营的总数量很少，可能只是几包烟草，那么烟草机关是否会直接收回烟草证，可能需要根据具体情况而定。
因此，对于烟草证是否被收回的问题，不能一概而论，需要具体情况具体分析，不能简单地认为只要被查到两次违法经营，烟草证就一定会被收回。
