GBA口袋怪兽绿宝石中，有些稀有的小精灵需要通过特殊方式捕捉。比如，要获得通讯小精灵，玩家需要使用金手指功能。而其他一些珍稀小精灵，则更加难以捕捉。
如晃晃斑（NO.327），它仅在113号道路出现；巨额蚁（NO.328）则在沙漠中进化而来；沙漠蜻蜓（NO.330）由超音波幼虫进化而来，而超音波幼虫又由巨额蚁在35级时进化。这些小精灵在游戏中的出现概率极低，需要玩家花费大量时间和精力才能捕捉到。
梦歌奈亚（NO.332）由沙漠奈亚进化而来，而沙漠奈亚则在沙漠中出现；青眠鸟（NO.333）和七夕青鸟（NO.334）则在114,115号道路出现；猫鼬斩（NO.335）和饭匙蛇（NO.336）则在114号道路遇到；月石（NO.337）和太阳岩（NO.338）则在流行瀑布出现；泥泥鳅（NO.339）和捻鱼王（NO.340）则在114,111号道路吊得。
一些小精灵的进化过程也非常复杂。例如，青眠鸟进化为七夕青鸟需要35级；沙漠奈亚进化为梦歌奈亚需要32级；泥泥鳅进化为捻鱼王需要30级；龙虾小兵进化为铁敖龙虾需要30级；天平偶进化为念力土偶需要36级；触手百合进化为摇篮百合需要40级；太古羽虫进化为太古盔甲需要40级；笨笨鱼进化为美纳斯需要达到亲密度；等等。
此外，还有一些小精灵的获取方式较为特殊。飘浮泡泡（NO.351）需要完成天气研究所任务后自动获得；变隐龙（NO.352）在118,119号道路出现；怨影娃娃（NO.353）和诅咒娃娃（NO.354）则在121,123号道路出现；夜骷颅（NO.355）和夜巨人（NO.356）则在日落山幽灵塔高层出现；热带龙（NO.357）则在119号道路出现；风铃铃（NO.358）在日落山起雾的草丛里出现；阿布索鲁（NO.359）则在120号道路出现；等等。
还有一些小精灵需要玩家花费更多的时间和精力才能获得。雪童子（NO.361）和冰鬼护（NO.362）则在看看洞出现；海豹球（NO.363）和海魔狮（NO.364）则在看看洞出现；帝牙海狮（NO.365）由海魔师在44级时进化而来；珍珠贝（NO.366）在126海底水草中出现；猎斑鱼（NO.367）对珍珠贝使用水石后进化而来；樱花鱼（NO.368）和古空棘鱼（NO.369）则由珍珠贝进化而来；爱心鱼（NO.370）则在128号水路吊得；宝贝龙（NO.371）在流行瀑布最深处出现；甲壳龙（NO.372）由宝贝龙在30级时进化而来；爆蝾螈（NO.373）由甲壳龙在50级时进化而来；铁哑铃（NO.374）则在战斗边疆图图犬洞穴里出现；等等。
还有一些较为强大的小精灵，如雷吉洛克（NO.377）、雷吉艾斯（NO.378）、雷吉斯奇鲁（NO.379）、拉帝亚斯（NO.380）、拉帝欧斯（NO.381）、盖欧卡（NO.382）、固拉多（NO.383）、烈空座（NO.384）、吉拉奇（NO.385）、帝欧西斯（NO.386）等。
