在口袋妖怪的世界里，神兽们的出现总是充满神秘色彩。急冻鸟、闪电鸟和火焰鸟各自守护着不同的地方，它们的故事分别发生在哈吉左边的道路、流星瀑布最深处的最深处以及冠军之路上。而超梦则需要通过特定的NPC对话和破坏因子才能获得，一旦选错对话，超梦将消失不见。
梦幻则需要玩家从超梦身上取下古代海图，然后乘坐船只前往。水君则隐藏在山优市瀑布洞中，雷公则位于银叶发电厂。炎帝则在火之捷径上等待着勇敢的探险者。洛奇亚需要在抓完三只鸟之后才能找到，而凤王则在抓完三只兽之后出现。雪拉比则在天元森林中冲浪，雷吉洛克和雷吉艾斯则与原版游戏保持一致。雷吉斯奇鲁同样如此，拉迪亚斯和拉帝欧斯也需要在阿田市水手处获得船票，然后乘坐船只前往。
固拉多、盖欧卡和裂空座同样遵循原版游戏的规则。基拉祈需要在超能市找到白色陨石，而代欧奇西斯则需要在拿到怪力术的洞窟中冲浪。帝牙卢卡则需要探索洞退潮后的冰洞，而帕路奇犽则在流星瀑布的新洞穴中等待着。席多蓝恩则位于坐缆车的地方的后面。雷吉奇卡斯需要在神柱抓完后前往吉纳的左边，然后潜水挖洞。骑拉帝纳的原始形态则在日落山大楼顶层的白坟墓中等待着。
骑拉帝纳的其他形态则需要使用月之石将其从原始形态变身而来。克雷色利亚则需要在道吉镇的一栋房子里睡觉。玛纳霏则需要在双鹿市进行潜水。达克莱伊同样需要在阿田市的一栋房子里睡觉。洁咪则需要在孵蛋之道洞窟中孵化，而天空洁咪则需要洁咪使用太阳之石变身而来。
阿尔宙斯则需要在捕捉帝牙卢卡、帕路奇犽和骑拉帝纳之后，前往觉醒寺的最底部。如果带着大师球，他将不会理睬玩家。而闪光篇中，红色暴鲤龙则需要在沙孤乐园的某个池子里等待着，而皮卡丘色的皮丘则需要在沙孤乐园的道路中，通过切树才能发现。暗黑洛奇亚则隐藏在废弃船中，等待着玩家的到来。
