日本在战争末期制定了代号为“决号作战”的本土防御计划。最初，他们预计盟军会在1945年夏天发起进攻，但随着冲绳战役的持续，日本认为盟军不太可能在台风季节结束前发起新的攻势。日本情报部门准确预测了盟军的进攻方向，预计最可能的入侵地点是九州地区的宫崎、有明湾和萨摩半岛。
尽管日本已不期望赢得战争，但他们希望通过对盟军造成重大损失，迫使对方签署停战协定而非完全投降。1945年2月，日本任命海军中将宇垣缠为第五航空舰队司令官，负责训练飞行员和集结作战飞机。到战争末期，日本严重依赖神风特攻，几乎所有教练机都被分配给特攻队。到1945年7月，日军可用的飞机超过一万架，并且数量仍在增加。日本计划将所有能够接近盟军舰队的飞机用于自杀攻击，并生产了数百艘自杀攻击小艇。
到了1945年8月，日本海军已基本失去战斗力，主力战舰只剩下六艘航母、一艘战列舰和四艘巡洋舰，并且缺乏油料。日本海军还拥有350艘侏儒潜艇、1000枚人操鱼雷和800艘自杀攻击艇。日本在九州的驻军从1945年3月的只有一个战斗师团增加到8月的14个师团及三个坦克旅，共90万人。尽管兵员充足，但装备不足。
日本还组织了2800万人的国民义勇战斗队，包括健康的男女老少。战斗队的任务包括战斗支援和直接参与战斗，但他们缺乏训练、制服和装备。日本在战争末期采取了“以人命换胜利”的策略，因此需要大量民兵作为肉盾。一旦真正意义上的“本土决战”开始，日本可能需要征发更多不适合战斗的人员，如家庭主妇或女学生。美事史学家理查德·B·弗兰克在其著作中记录了日本当局征发女高中生的情况。
