南京市内拥有众多高等学府，其中排名居前的大学依次为南京大学、东南大学、南京农业大学、河海大学、南京师范大学、南京理工大学、南京航空航天大学、南京工业大学、中国药科大学、南京邮电大学、南京医科大学、南京林业大学、南京信息工程大学、南京中医药大学、南京财经大学、南京审计大学、南京工程学院、金陵科技学院、南京晓庄学院、江苏第二师范学院、南京特殊教育师范学院、南京体育学院、南京艺术学院、江苏警官学院和南京森林学院。
南京大学作为江苏省内顶尖学府之一，其在人文社科领域的影响力尤为显著，尤其在历史学、哲学、文学等领域有深厚的积淀。东南大学则在工程技术领域享有盛誉，尤其是在电力、信息与自动化技术方面。南京农业大学以农学见长，是全国农学研究的重要基地之一。
河海大学则以其水利学科闻名，为国家培养了大量水利工程技术人才。南京师范大学在教育学方面有着深厚的学术积淀，培养了大批教育人才。南京理工大学以工学见长，尤其是在国防科技领域有着重要地位。南京航空航天大学则在航空航天领域有着显著成就，培养了大量航空航天专业人才。
南京工业大学在化学工程、材料科学等领域有着较强的研究实力，中国药科大学则在药学领域有着深厚的学术积淀，培养了大批医药行业人才。南京邮电大学则在通信工程领域有着显著成就，为通信技术领域输送了大量人才。南京医科大学则在医学领域有着重要贡献，培养了大批医学专业人才。
南京林业大学以林学见长，培养了大量林业专业人才。南京信息工程大学则在气象学、信息工程等领域有着较强的研究实力。南京中医药大学则在中医药领域有着深厚学术积淀，培养了大批中医药专业人才。南京财经大学则在经济学领域有着显著成就，培养了大批经济学专业人才。南京审计大学则在审计学领域有着显著成就，培养了大批审计专业人才。
南京工程学院则在工程技术领域有着较强的研究实力，金陵科技学院则在工程技术领域也有一定的研究实力。南京晓庄学院则在师范教育领域有着显著成就，江苏第二师范学院则在师范教育领域也有一定贡献。南京特殊教育师范学院则在特殊教育领域有着显著成就，南京体育学院则在体育教育领域有着显著成就，南京艺术学院则在艺术领域有着显著成就。江苏警官学院则在警官教育领域有着显著成就，南京森林学院则在森林教育领域有着显著成就。
