生产优质红薯的关键在于科学施肥，以达到无公害甘薯生产标准。根据土壤肥力和预计产量，确定合理的施肥量和方法。强调有机肥为主，少施氮肥，增施钾肥和磷肥。基肥应占总肥量的大部分，其中包括有机肥和磷钾肥，建议使用腐熟无病源的农家肥，并在翻耕时施用。
栽植时，在每个穴中施用磷酸二氢钾2千克，作为种肥。生物有机复合专用肥和化肥则应在作垅时包入垄心。禁止使用工业废物、城市垃圾和污泥，也不得施用未经发酵处理、重金属超标的人粪尿等农家肥。为了平衡施肥，通常每生产1000千克鲜薯，需施氮5千克，磷5千克，钾10～12千克，氮磷钾比例为1∶1∶2～2.5。
在中等肥力条件下，春薯每667平方米需施优质农家肥2500～3000千克，尿素10千克，过磷酸钙30千克，硫酸钾15千克。有机肥占总施肥量的78%，可以使用符合国家标准的有机复合肥替代部分农家肥。若农家肥不足，可施用氮、磷、钾各含15%的复合肥50千克，配合施入15千克硫酸钾，或选用烟草专用肥75千克，均可增产鲜薯1500千克。
无公害甘薯推荐使用的商品肥料包括有机肥、腐殖酸粪肥料、微生物肥料、有机无机复合肥、无机肥（如硫酸钾、过磷酸钙、钙镁磷肥、尿素、碳铵等）、叶面肥料（如磷酸二氢钾）和微量元素配置肥料。这些肥料能够提高红薯的产量和品质，满足市场对无公害食品的需求。
