长期不合理使用化肥是导致树木根系腐烂的主要原因之一。【1】在园林绿化和果树栽培中，长期施用二安尿素硫酸钾、大量复合肥和复混肥等化学肥料，破坏了土壤的结构，导致树木遭受灾难性的影响。首先，长期施用化肥导致土壤中缺乏有机质，使得土壤微生物失去生存环境，有害菌繁殖，从而诱发根系腐烂。其次，有机质的缺乏导致土壤板结，影响根系的正常生长。再者，长期化肥使用使土壤酸化严重。最后，氮肥过量导致树木徒长，树势不强，容易发生腐烂病。
未腐熟的有机肥使用也会导致根系腐烂。【2】在秋冬季节施肥时，有些养护人员未能正确处理有机肥，直接施用未发酵的有机肥，这会导致土壤中病菌、害虫和盐分增多，损伤根系，进而引发腐烂。
管理粗放，土壤板结严重也是问题之一。【3】在园林绿化、公园甚至果园中，由于长期养护不当和过多使用除草剂，土壤透气性差，导致树木根系受到严重影响，既不抗旱也不耐涝，冬季还易受冻害。雨后土壤透气性进一步恶化，根系窒息。
树木营养储备不足也会引起腐烂。【4】通常情况下，春季树木腐烂较少，一方面是因为温度影响，更主要的是因为营养充足。但夏季开花结果导致植物体内营养消耗大，营养储备减少，树木抗病能力下降，容易发生腐烂。
除草剂过量使用也是一个问题。【5】在园林绿化中，草甘膦、百草枯等除草剂使用过多，如果使用不当，会渗入土壤伤害树木根系，导致营养不良，使树木衰弱。
为解决树木烂根问题，应合理施肥，兼顾化肥和有机肥的使用。【1】施肥时应施用充分腐熟的有机肥，避免生肥施用。同时，要合理控制施肥量，避免肥料过于靠近树木，应在树木垂直投影处施肥。
