新时代学校卫生与健康教育工作基本原则是以学生为中心，预防为主，科学指导，全员参与，综合施策。
这些原则体现了对学生身心健康的全面关注和积极促进。以学生为中心，意味着所有卫生与健康教育工作都要围绕学生的实际需求和发展来开展，确保每位学生都能得到适当的关注和帮助。预防为主则强调提前采取措施，防止疾病和健康问题的发生，通过健康教育提高学生的自我保健意识和能力。
科学指导是新时代学校卫生与健康教育工作的核心。它要求教育工作必须基于科学的理论和实证研究，确保所传授的健康知识和技能是准确无误的。同时，科学指导还体现在教育方法的创新上，利用现代科技手段提高教育的趣味性和有效性。
全员参与则是指学校、家庭、社会等各方力量都要参与到学生的卫生与健康教育中来。学校应建立健全相关机制，鼓励教师和学生家长积极参与，形成教育合力。综合施策则要求学校在制定卫生与健康教育计划时，要综合考虑多种因素，包括学生的年龄、性别、健康状况等，制定个性化的教育方案，确保每位学生都能从中受益。
