在工程项目的财务管理中，分两次支付工程款的具体会计处理步骤可以如下：
首先，当支付预付款时，会计分录为：
借：预付账款——某单位 5万元
贷：银行存款 5万元（支票存根）
接着，在支付余款时，会计分录为：
借：预付账款——某单位 5万元
贷：银行存款 5万元（支票存根）
需要注意的是，如果支付金额较大，通常会一次性支付，但在某些情况下，为了确保资金安全或者项目分期实施，可能会选择分两次支付。在支付完成后，可以将收到的款项记录为收入，会计分录为：
借：在建工程 10万元
贷：预付账款——某单位 10万元
这样，可以清晰地反映预付款的支付情况及在建工程的进展。
在实际操作中，预付款和余款的支付日期及金额需要根据合同条款和项目进度进行合理安排。此外，预付账款的支付和在建工程的记录应保持一致，确保财务报表的真实性和准确性。
在进行预付款和余款支付时，必须确保所支付款项的准确性和及时性。为了防止出现账务错误，建议定期进行账务核对，确保每笔交易都得到正确的记录。
此外，对于大额预付款，可能还需要关注收款方的履约能力，确保资金的安全性和项目的顺利进行。
以上就是分两次支付工程款的具体会计处理步骤，希望对您有所帮助。
