内蒙古与粤港澳大湾区在合作上面临一些难度，主要原因如下：1、地理位置距离远：内蒙古位于中国的北部，而粤港澳大湾区则位于中国的南部，两者之间相隔甚远，导致物流和交通不便，增加了合作成本和难度。
2、经济结构和产业结构差异大：内蒙古主要以农牧业和重工业为主，而粤港澳大湾区则以轻工业、服务业和外贸为主导。这种经济和产业结构上的差异使得两地难以形成互补优势，增加了合作的难度。
3、人才交流不够：由于地理位置、经济发展等方面的差距，内蒙古与粤港澳大湾区的人才交流相对较少，缺乏相互了解和信任，不利于开展深度合作。
4、协调不够：内蒙古与粤港澳大湾区的行政隶属关系不同，涉及的利益主体和协调难度较大。在税收、金融、产业扶持等方面存在一定的差异，给两地合作带来了一定的困扰。
