可以。个体工商户在缴纳个人所得税时，如果预缴税款高于实际应缴纳的税款，可以通过年度经营所得汇算清缴的方式申请退税。
1、个体工商户的征税方式分为查账征收和核定征收，其中核定征收又分为定期定额征收和核定应税所得率两种方式。
2、定期定额征收一般不涉及退税，主要是查账征收方式下，如果年度累计预缴税款高于实际应缴纳的税款，个体工商户可以申请退税。
3、退税申请通常需要在年度终了后的3个月内完成，如果逾期，会面临处罚。退税申请可以通过办税厅、电子税务局进行，不能通过个人所得税APP申请。如果有多缴的税款，个体工商户可以在三年内申请退税。
