酵母菌细胞结构包括细胞壁、细胞膜、细胞质、细胞核和液泡。
1、细胞壁：酵母菌的细胞壁不如细菌细胞壁坚韧，有的菌壁厚度随菌龄增加。电镜下细胞壁呈“三明治”结构。
2、细胞质膜：酵母菌的细胞质膜与细菌的细胞质膜基本相同，但有的酵母菌如酿酒酵母的细胞质中含有甾醇，尤其以麦角甾醇居多。经紫外线照射后，可形成维生素D2。细胞膜中含甾醇的性质是真核生物与原核生物的重要区别之一。
3、核：具有用多孔核膜包着的细胞核。核通常位于细胞，但由于酵母菌细胞质中液泡的逐渐增大，常将核挤到细胞的一边。细胞核内有核仁，其主要功能是进行核糖体RNA的合成。核仁是细胞核内折光率较强的球形体。在细胞前期消失，后期在染色体的核仁组织区重新形成。
4、细胞质：酵母菌与其他真核生物一样，细胞质中存在由不同形状、大小的膜层相互密集或平行排列而成的内质网。膜层之间存在间隙。内质网有两种类型:膜外附着有核糖体的称为粗糙型内质网，这是蛋白质的合成场所，另一种表面没有附着核糖体的，称为光滑型内质网。
5、液泡：大多数酵母，尤其球形、椭圆形酵母菌细胞中都有一个液泡。长形的酵母菌有的具有二个位于细胞两端的液泡。细胞染色后，在光学显微镜下可见液泡为一个透明区域。电镜下可见其是由单层胞膜包围着。生长旺盛的酵母菌液泡中不含内含物，而细胞老化后，可见液泡中有各种颗粒。
