制作工艺不同，口感和香气不同，保存方式不同，营养价值不同，价格不同，使用方式不同。
1、制作工艺不同。冻干黑咖啡是将液态浓缩咖啡通过冷冻干燥技术制成，黑咖啡是通过将烤熟的咖啡豆研磨成粉末后，用过滤水冲泡而成。
2、口感和香气不同。冻干咖啡的味道更呈现出咖啡的甜味和细腻口感，黑咖啡通常呈现出相对浓烈和较苦涩的特点。
3、保存方式不同。冻干黑咖啡需要放在干燥、阴凉、通风的地方，防潮防晒，并且一旦打开后要尽快饮用，以免受潮失去口感。黑咖啡相对更方便保存。
4、营养价值不同。黑咖啡的主要成分是咖啡因，能够增强人体的代谢能力，改善身体疲劳状况。冻干咖啡通常添加了大量的糖分，所以热量很高。
5、价格不同。由于生产工艺的原因，冻干黑咖啡价格相对较高，一般是速溶黑咖啡的两倍以上。
6、使用方式不同。冻干咖啡适合制作冷饮，这是因为它更适合加入其他材料混合制成多种口感组合的饮品。黑咖啡更适合直接冲泡饮用。
