申请注册条件不同，办理地点不同，有效期不同，提交材料不同。
1、申请注册条件不同：报关企业具备境内企业法人资格条件；法定代表人无走私记录；无因走私违法行为被海关撤销注册登记许可记录；有符合从事报关服务所必需的固定经营场所和设施；海关监管所需要的其他条件。进出口货物收发货人是依法直接进口或者出口货物的中华人民共和国关境内的法人、其他组织或者个人。
2、办理地点不同：报关企业：所在地直属海关或者其授权的隶属海关。进出口货物收发货人：所在地海关。
3、有效期不同：报关企业注册登记许可期限为2年。进出口货物收发货人《中华人民共和国海关报关单位注册登记证书》长期有效。
4、提交材料不同：报关企业：《报关单位情况登记表》；企业法人营业执照副本复印件以及组织机构代码证书副本(原件及复印件)；(已使用法人和其他组织统一社会信用代码营业执照申请的企业不需要提交组织机构代码证书)报关服务营业场所所有权证明或者使用权证明(原件及复印件)；其他与申请注册登记许可相关的材料。进出口货物收发货人：《报关单位情况登记表》；营业执照副本以及组织机构代码证书副本(原件及复印件)；(已使用法人和其他组织统一社会信用代码营业执照申请的企业不需要提交组织机构代码证书)对外贸易经营者备案登记表或者外商投资企业(台港澳侨投资企业)批准证书(原件及复印件)；其他与注册登记有关的文件材料。
