扬麦39的缺点主要有以下几点：1.春性。扬麦39属于春性品种，种植时需要严格控制好时间，不能过早种植，否则会影响扬麦39的生长发育。
2.全生育期较长。扬麦39的全生育期为200.2天，与对照品种扬麦20的熟期相当。
3.分蘖力较强。扬麦39幼苗直立，叶片宽长，叶色黄绿，分蘖力较强。
4.株型较松散。扬麦39株高82.7厘米，株型较松散，抗倒性较好，整齐度好，熟相好。
5.穗纺锤形。扬麦39穗纺锤形，长芒，红粒，籽粒硬质。
扬麦是指把已经碾好的麦子，把麦粒和麦秸、麦糠分开，只留下麦粒。这是夏收时最后一道工序，经过扬场以后，就剩下黄澄澄的麦粒，此时就可以粮食入库。
