并不违法，因疫情原因被管控的酒店是可以拒绝入住的。根据应对新型冠状病毒感染肺炎疫情的相关命令和通知，酒店应当服从政府的行政命令，拒绝客户入住。
按照《关于进一步动员城乡社区组织开展新型冠状病毒感染的肺炎疫情防控工作的紧急通知》
1、全面实行城市小区封闭管理。城区以居民小区为单位，实施严格的封闭管理和防控，每个小区只保留1个出入通道(确保消防、救护等特种车辆通行)，外来人员及车辆一律禁止进入。由街道、社区负责设立防控检测点，做好进出人员登记、测温。没有实行封闭管理的小区，由街道、社区采取必要的方式实施封闭管理，并要充分发挥楼长、单元长的作用，对本小区居民严格管控。
2、全面实行农村村屯封闭管理。乡村以屯为单位，由乡镇、村负责在进出路口全部设卡，专人看护，做好登记、测温，严控人员出入。城乡结合部通达性较强或公路沿线的村屯要通过组建巡逻队等形式，切实加强管控。
3、落实出租房管理主体责任，房主和承租人要及时向街道、社区报告，加强对承租人员的管控，如出租房发生疫情而未及时报告，将依法追究房屋出租主体单位或个人的责任。
4、做到不串门、不集聚、不聚餐，除工作、生活、就医等必要需求外，尽量减少外出，外出必须戴口罩。
5、对于拒不听从工作人员管理劝阻、聚众闹事等行为，根据我市公安机关下发的《关于严厉打击涉疫违法犯罪行为的通告》，将依法严厉打击。
6、广大群众要积极参与疫情防控，强化社会监督，在疫情防控严格管控期间，对提供疫情防控有价值线索的居民及个人予以奖励。
7、各县(市)区、开发区可根据本公告细化实施办法并严格组织实施。上述管控措施解除时间视疫情防控形势变化另行通知。
