环境保护行政处罚决定应当是在进行充分地调查之后才能够做出最终的处罚的决定的。
其中，取证环节很重要，对环境保护行政处罚取证规定是：
1、询问或者检查应当制作笔录。
2、作为处罚证据的监测报告，必须有CMA标志和监测字号。出具监测报告的单位应具备相应的资质。监测报告应当载明监测的项目、依据，使用的科技手段、执行的标准、所采样品的超标情况等事项，其采样、监测方法、审核、签发等人员必须具备相应的资格，并有分析、审核、签发人员签名和监测部门的盖章。
3、计算机数据、照片或者录音、录像等视听资料。
4、当事人的陈述、谈话笔录，公民的举报、控告、投诉的信件，领导签批办理的信件，行政调查时的会谈、会议纪要，以及与案件有关的报表、图纸、会计账册、专业技术资料、科技文献等都应当收集为证据。
一、制定《证据指南》的意义
(一)制定《证据指南》是规范执法程序的必然要求。
《行政处罚法》第三十六条规定，行政机关发现公民、法人或其他组织有依法应当给予行政处罚的行为的，必须全面、客观、公正地调查，收集有关证据。对事实清楚、证据确凿的行政处罚决定，违法者才能接受和履行，复议机关和人民法院才能支持。反之，证据缺陷有可能导致处罚决定被撤销。制定《证据指南》，有利于推进环保部门依法行政、规范执法程序工作，扭转执法实践中“重实体、轻程序”的做法。
(二)制定《证据指南》是环境行政处罚实践的迫切需要。
随着执法力度的加大，环境行政处罚案件数量呈增长趋势，当事人法律意识和维权意识也在提高，这对执法人员调查取证提出了更高的要求。但有的执法人员对证据重要性的认识还不高、取证程序还不够规范、笔录过于简单、所取证据不能反映出违法行为。因此，有必要加强对地方调查取证工作的指导，明确证据收集、审查、认定的方法和要求，便于基层执法人员掌握和运用。
(三)《证据指南》是《环境行政处罚办法》重要的配套文件。
《环境行政处罚办法》专节对调查取证环节做了具体规定。其中，许多新的规定，如证据的登记保全、自动监控数据的运用、现场即时监测、查封暂扣措施等需要具体操作细则。为更好地实施《环境行政处罚办法》，有必要制定《证据指南》与之配套。
