法院将案件移送有管辖权的法院，应当将已经收取的诉讼费一同移送。
如果两个法院相距较远，法院采取邮寄的方式移送卷宗，同时移交诉讼费很麻烦，时间很长，法院可以将诉讼费退还给原告，由原告自行向被移送法院交纳。
依据诉讼费用交纳办法的规定，法院移送案件时，诉讼费用一并移交到接收的法院，如果是刑事案件移送的，退还诉讼费用。
《诉讼费用交纳办法》
第二十四条
依照民事诉讼法第三十六条、第三十七条、第三十八条、第三十九条规定移送、移交的案件，原受理人民法院应当将当事人预交的诉讼费用随案移交接收案件的人民法院。
第二十五条
人民法院审理民事案件过程中发现涉嫌刑事犯罪并将案件移送有关部门处理的，当事人交纳的案件受理费予以退还；移送后民事案件需要继续审理的，当事人已交纳的案件受理费不予退还。
一、适用条件
根据《民事诉讼法》第36条规定：“人民法院发现受理的案件不属于本法院管辖的，应当移送给有管辖权的人民法院，受移送的人民法院应当受理。受移送的人民法院认为受移送的案件依照规定不属于该院管辖的，应当报请上级人民法院指定管辖，不得再自行移送。”据此规定，移送管辖的适用应当具备以下条件：
(一)人民法院已经受理案件。若尚未受理的案件，经审查不归本法院管辖的，不存在移送管辖问题，应告知当事人向有管辖权的人民法院起诉。
(二)受理案件的人民法院对该案无管辖权。依法享有管辖权的人民法院才有权行使审判权，因此无管辖权的人民法院无权审理案件。
(三)接受移送案件的人民法院依法享有管辖权。这是对移送案件法院的要求，即不得随意移送，只能向有管辖权的人民法院移送。
在具备上述三个条件的同时，还必须正确理解本条所规定的“不得再自行移送”的含义，才能正确认识和适用移送管辖。所谓不得再自行移送，是指移送案件的人民法院所作出的移送案件裁定，对接受移送案件的人民法院具有约束力。即受移送案件的法院必须受理，不得以任何理由再自行移送。如受移送案件的人民法院认为该院依法确无管辖权时，应报请上级人民法院指定管辖。这样规定，既可以避免法院之间相互推诿或者争夺管辖权，又可以防止拖延诉讼，及时保护当事人合法权益。根据《意见》的规定，案件受理后，受诉人民法院的管辖权不受当事人住所地、经常居住地变更的影响。有管辖权的人民法院受理案件后，不得以行政区域变更为由，将案件移送给变更后有管辖权的人民法院。判决后的上诉案件和依审判监督程序提审的案件，由原审人民法院的上级人民法院进行审判；第二审人民法院发回重审或者上级人民法院指令再审的案件，由原审人民法院重审或者再审。实践中，无管辖权的人民法院已经对案件进行了实体审理，而当事人又未提出管辖权异议的，可视为当事人放弃了异议权，也可不必移送管辖，由受理案件的法院继续审理。
