企业收购后收购企业不认可员工在被收购企业的劳动关系，仲裁也不认可，原因如下：
1、因购并企业拒绝签订劳动合同而引发的争议。如果被购并企业在购并过程中消亡或者分立，那么原用人单位已经不复存在。在这种情况下，只有购并企业承认被购并企业签订的所有劳动合同，才可能避免产生劳动纠纷。但是，从购并实践看，购并企业或者购并中的新设企业一般不愿意承担这样重大的包袱；
2、因变更劳动条件而引起的争议。即使购并企业或者购并中新设的企业愿意与被购并企业的在岗职工签订新的劳动合同，也会由于劳动条件的变化而引发劳动争议；
3、因原在岗职工拒绝签订劳动合同并要求失业补偿而产生的劳动争议。即使购并企业或者新设立的企业与被购并企业的所有职工签订劳动合同。
公司被收购，原来的劳动合同应该继续履行，如果不履行的，公司就得支付给该员工一定的经济补偿。
法律依据：《中华人民共和国劳动合同法》 第四十七条
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
