农村合作医疗不报销CT，CT属于不予支付范围的诊疗设备类项目，所以只能以个人名义支付，基本医疗保险不予支付费用的诊疗项目如下：
1、挂号费、院外会诊费、病历工本费等；
2、出诊费、检查治疗加急费、点名手术附加费、优质优价费、自请特别护士等特需医疗服务；
3、各种美容、健美项且以及非功能性整容、矫形手术等；
4、各种健康体检；
5、各种预防、保健性的诊疗项目；
6、各种医疗咨询、医疗鉴定。
7、诊疗设备及医用材料类一、应用正电子发射断层扫描装置、电子束cT、眼科准分子激光治疗仪等大型医疗设备进行的检查、治疗项目。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十八条
符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。
第二十九条
参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。
社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。
