个体户每个季度申报的方法如下：
1、使用开票的金税盘及其密码可直接登录当地的电子税务局进行申报；
2、在左侧的常用功能栏内选择综合申报，按页面提示进行申报；
3、月开票额3万元以内（含3万元）或季度开票额在9万元以内（含9万元），免征增值税及个人经营所得税.月开票额在3万元以上或季度开票额在9万元以上，需按核定收入比例缴纳个人经营所得税.具体核定征收比例可在首页我的信息-纳税人信息中查看.网上申报时系统会自动带出，无需自己输入；
4、个人经营所得税在附税中申报，在收入栏填写不含税收入金额，系统自动计算应纳税额，点击申报，提交即可；
5、因各种原因无法在网上进行申报时，亦可持公章和营业执照副本至税务大厅填写《生产经营个人所得税纳税申报表》，在大厅进行申报。
法律依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第二十四条
从事生产、经营的纳税人、扣缴义务人必须按照国务院财政、税务主管部门规定的保管期限保管帐簿、记账凭证、完税凭证及其他有关资料。帐簿、记账凭证、完税凭证及其他有关资料不得伪造、变造或者擅自损毁。
