如果合同上注明了复印件同样有效，是可以的。意思达成之时合同成立，约定采用书面合同的，书面合同签订时合同成立并生效。书面，并不代表一定是纸面。对于合同的形式，当事人双方完全可以约定，比如传真或者电子版本或者扫描件。约定视为有效。
是否是原件的问题。从你描述结合证据理论，属于原件；但是可能涉及到证据效力的问题，可能有纠纷。参加民诉证据规定。笔者认为这样的合同是有瑕疵的，为防止纠纷最好补强。可以通过平时的电子邮件，电话录音等让对方再次认可该合同的形式。一旦发生纠纷，对于合同的纠纷，不仅仅审查书面的合同，还会结合事实，很多即使没有书面合同，即使有交易的事实，也会认为有事实合同存在。
一、合同章扫描件有法律效力吗
无效，没有法律作用。加盖公章的扫描件、复印件是有效的，但是公章用扫描的是无效的。传真或者是复印件的合同在形式属于书面合同，只要合同内容不违反关于无效合同或可撤销合同的相关规定，传真签字的合同即具有法律效力。
二、《民法典》相关的法律规定
《民法典》第四百九十条当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
《民法典》第四百六十九条【合同订立形式】当事人订立合同，可以采用书面形式、口头形式或者其他形式。书面形式是合同书、信件、电报、电传、传真等可以有形地表现所载内容的形式。
以电子数据交换、电子邮件等方式能够有形地表现所载内容，并可以随时调取查用的数据电文，视为书面形式。
