东莞土地使用证过户费用有：
1、契税：如果您的房屋面积超过90平米，不能够享受国家契税优惠，只能按照目前普通住宅1.5%，非普通住宅按买价征收3%由买方承担；
2、营业税(卖方)；
3、第三个人所得税(卖方)：取得房产证未满5年，按交易差价的20%收取第四交易费：6元/平米，双方各付一半；
4、登记费：80元，买方缴纳。
一、相关法律依据
根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五条，单位和个人依法使用的国有土地，由土地使用者向土地所在地的县级以上土地行政主管部门提出土地登记申请，由县级以上登记造册，核发国有土地使用权证书，确认使用权。其中，国家机关使用的国有土地的登记发证，由土地行政主管部门负责，具体登记发证办法由土地行政主管部门会同机关事务管理局等有关部门制定。
根据《中华人民共和国城市房地产管理法》第六十一条，以出让或者划拨方式取得土地使用权，应当向县级以上地方土地管理部门申请登记，经县级以上地方土地管理部门核实，由同级颁发土地使用权证书。土地使用证的变更
根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第六条，依法改变土地所有权、使用权的，因依法转让地上建筑物、构筑物等附着物导致土地使用权转移的，必须向土地所在地的县级以上土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行土地所有权、使用权变更登记。土地所有权、使用权的变更，自变更登记之日起生效。依法改变土地用途的，必须持批准文件，向土地所在地的县级以上土地行政主管部门提出土地变更登记申请，由原土地登记机关依法进行变更登记。
根据《中华人民共和国城市房地产管理法》房地产转让或者变更时，应当向县级以上地方房产管理部门申请房产变更登记，并凭变更后的房屋所有权证书向同级土地管理部门申请土地使用权变更登记，经同级土地管理部门核实，由同级更换或者更改土地使用权证书。
土地使用证在过户过程中，需要遵守遵守上述规定，并依据土地管理部门的相关规定来进行合法的处理，如果对相关情况的处理不清楚的，可以咨询工作人员，特别是造成了严重的违法行为的，或者涉及到诈骗等情况的还需要追究法律责任。
