南通市施工合同备案的话一般是在当地政务中心的建委窗口申请办理的，在提交了材料之后一般在三个工作日内就会办理完成的。
（一）到工程所在地政务服务中心建委窗口登记领取办理合同备案表格。
（二）按目录准备相关资料及刻电子数据光盘。
（三）提交资料给政务服务中心建委窗口。一般只要资料齐全且符合要求。3个工作日内就可以办理好合同备案。
一、施工合同备案的话要提交什么材料？
（一）《建设工程施工许可申请表》原件；
（二）合同正式文本一式4份原件；
（三）合同当事人法定代表人证明书原件，法定代表人授权签订合同的，还应提交法定代表人授权委托书原件；
（四）承包人为外地企业的，应提交承包人资质证书以及项目经理（建造师）资格证书复印件（核原件）；
（五）招标工程，应提交招标文件和“建设工程招标（发包）程序完成证明书”或“中标通知书”复印件（核原件）；
（六）非招标工程，应提交经注册造价工程师签字，并加盖注册执业专用章及编制单位公章的工程预算书原件，同时需提交该注册造价工程师注册证复印件。投资工程（涉及、国家秘密的工程、应急建设工程和抢险救灾的建设工程）还需提供审计专业局出具的审计报告复印件。
二、施工合同纠纷诉讼时效是多久？
（一）工程质量缺陷不适用“出售质量不合格的商品未声明的”一年的短期时效，而适用一般诉讼时效三年。
（二）施工过程中出现的地基基础、主体结构以及竣工验收各阶段的施工质量缺陷争议，其诉讼时效自阶段质量验收发现缺陷或者阶段质量验收未通过时起算；如质量缺陷争议已委托鉴定的，自鉴定单位出具鉴定意见后二年。
（三）工程交付使用后，发包人主张承包人的工程保修责任，诉讼时效根据工程不同部位的最低保修年限而定：工程一般部位即一般土建、装修和管道工程的保修责任，诉讼时效为合同约定的不少于2年的保修年限后3年。
