蒋南翔是“一二·九”运动的重要领导人之一。当时，他是清华大学党支部书记、北平市西郊区党委委员。他起草了“一二·九”和“一二·一六”两个宣言以及北平市学联的一些重要文件，在当时的学生运动中发生过重要影响，为唤起全国爱国学生奋起抗日救亡作出了很大贡献。
20世纪60年代初，蒋南翔还主持起草了“高教六十条”等学校规章，得到党中央的肯定，也受到各地高校的欢迎，起到了当时高等教育基本法规的作用。
他提出要有计划按比例发展教育；充实加强小学、整顿提高初中、调整改革高中、大力发展职业教育；主持起草《中华人民共和国学位条例》等，为整顿恢复教育秩序、推进教育改革、加快教育事业的发展，作出了不可磨灭的贡献。
政治辅导员制度，则是蒋南翔又红又专人才培养理念的具体实践。1953年，蒋南翔倡导建立的“双肩挑”的政治辅导员制度在清华园里诞生了。所谓双肩挑，就是一肩挑学生政治思想工作，一肩挑业务学习。这种“双肩挑政治辅导员制度”已顺利地走过了半个多世纪。历史以无可辩驳的事实证明了这项制度体现出的强大生命力及其给清华学生、清华大学以及整个国家带来的益处。
蒋南翔在清华大学长达13年半，努力贯彻党的教育方针，创造性地坚持德智体全面发展的培养目标，积极探索适合中国国情的社会主义办学道路，实行以教学为中心的教学、科研、生产三结合，使学校成为教育与科研两个中心。他重视最新科学技术的发展，率先在清华创建了原子能、自动控制等一批新技术专业与学科，促进了我国新技术的发展。他重视对学生的马克思主义教育和政治思想工作，首创学生政治辅导员制度。他注重加强基础理论教育与因材施教，注意体育锻炼，提出"争取健康地为祖国工作50年"的口号，促进了德智体全面发展。他重视教职工队伍建设，提出"要争取团结百分之百的教师"和"各按步伐，共同前进"的主张，他呕心沥血，为清华培养了一支新老结合、又红又专的教师队伍和"双肩挑"的干部队伍。他提出著名的"三阶段、两点论"，继承和发扬了清华大学各时期的优良传统和优良学风。在这一时期，清华大学的规模和水平有很大发展和提高。教职工由1200余人增到5300多人；在校本科生超过万人规模，为国家培养了大批优秀人才，同时获得了许多重大科研成果。他的教育思想，丰富了我国教育理论宝库。
