对于三岁孩子来说，北京海洋馆和海底世界都是很好的选择，但两者之间还是存在一些细微的差异。
1. 行程安排：北京海洋馆的面积较大，拥有多个展厅和展缸，孩子可以接触到各种不同的海洋生物，同时还可以参加许多互动活动，如喂食锦鲤等。而海底世界则更注重于海洋生物的展示和介绍，尤其是深海生物和珍稀物种，因此行程安排上可能更偏向于学习和欣赏。
2. 交通方式：北京海洋馆位于北京动物园内，可以乘坐地铁4号线或公交15、27、45、107、114、332、347、360、563、601、614、632、698、714、运通104路等到动物园站下车即可到达。而海底世界则位于北京天文馆附近，可以乘坐地铁1号线或公交13、18、42、56、103电车、104快车、201夜班车、特11路等到动物园站下车，步行约10分钟即可到达。两者之间的交通都非常方便，但北京海洋馆的交通选择更多一些。
3. 住宿：北京海洋馆周边有许多酒店可供选择，包括中高档酒店如北京五洲大酒店等，也有经济型酒店如7天连锁酒店等，可以根据自己的需求和预算进行选择。而海底世界周边也有一些住宿选择，但相对较少。
综上所述，对于三岁孩子来说，北京海洋馆和海底世界都值得一去，具体选择取决于兴趣和需求。如果想让孩子在行程中更多地参与互动活动和亲近动物，那么北京海洋馆是更好的选择；如果更想让孩子了解深海生物和珍稀物种，那么海底世界可能更合适。
