1、零余额账户主要是针对政府部门有关的单位，而基本户则是针对所有的单位和企业。
2、零余额账户是指财政部门为本部门和预算单位在商业银行开设的账户，用于财政直接支付和财政授权支付及清算。 而基本存款账户是办理转账结算和现金收付的主办账户，经营活动的日常资金收付以及工资、奖金和现金的支取均可通过该账户办理。零余额账户主要是针对政府部门有关的单位，而基本户则是针对所有的单位和企业。
拓展资料
零余额账户的性质是什么呢?
零余额账户的性质决定了其在国库单一账户体系和财政支付管理中具有重要作用，是实现财政集中支付的桥梁.
首先，零余额账户是连接国库单一账户与商品或劳务供应商账户的纽带，代理国库单一账户对商品或劳务供应商的支付.财政支付的实质是预算资金从国库单一账户转移到商品或劳务供应商账户，在零余额账户模式下，这一资金转移是通过零余额账户的支付与清算活动实现的，预算支出先由零余额账户向商品或劳务供应商账户支付，然后国库单一账户向零余额账户支付清算，完成整个支付过程.
其次，更为重要的是，零余额账户是实现对预算资金最终付款控制的必要的技术手段，是我国国库单一账户制度保证预算资金在实际支付时才流出国库单一账户的一项重要制度安排.
零余额账户的零余额特性，使得所有预算资金得以集中控制在国库单一账户，从而克服传统的因分散、重复设置账户而导致的预算资金大量滞留于预算单位以及由此引发的一系列弊端.从这一意义上说，对零余额账户的有效管理是实现改革目标的关键.
