被保险人不同。城镇医疗即职工医疗保险由职工参保，保费由用人单位和职工共同缴纳，而农村合作医疗即新型农村合作医疗主要由农民朋友参保。是一种互助互助的医疗体系，也属于国家医疗保险。城镇医疗保费高于农村合作医疗；城镇医疗可报销费用高于农村合作医疗；农村合作医疗最低支付标准低于城镇医疗。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二条规定，国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民的健康。因年老、疾病、工伤、失业、生育等情况，依法获得国家和社会物质帮助的权利。
拓展资料：
1、城镇医疗保险和农村合作医疗有什么区别城镇医保和农村合作医疗最大的区别在于户籍不同。城镇医疗保险面向当地城镇户口，农村合作医疗面向当地农民。此外，在支付方面，城镇医疗保险高于农村合作医疗，但同时，报销待遇也高于农村合作医疗。
2、什么是城镇医疗保险。城镇医疗保险是以未参加城镇职工医疗保险的城镇未成年人和失业居民为主要参保对象的医疗保险制度。城镇职工基本医疗保险制度和新型农村合作医疗制度实施后，是党中央、国务院进一步解决广大人民群众医疗保障问题、持续推进的重大举措。完善医疗保障体系。主要对城镇非就业居民的医疗保险进行制度安排。
3、什么是农村合作医疗。农村合作医疗是指由政府组织、引导、支持，农民自愿参与，个人、集体和政府多方筹集资金，以大病统筹为主的农民医疗互助制度。采取个人缴费、集体扶持、政府补助等方式筹集资金。当年购买，次年生效，享受报销待遇，有效期一年。农村合作医疗保险报销需在当地合作医疗管理机构或定点医疗机构医保缴费窗口报销。办理手续包括：本人身份证、医保卡、发票原件、用药单、病历本等资料。农村合作医疗保险报销按比例进行，一般在20-85%左右浮动。报销比例和金额与自身检查用药、医疗等级等因素有关。农村合作医疗制度是中国农民创造的互助医疗保障制度。为保障农民获得基本医疗卫生服务，减轻农民因病致贫和返贫发挥了重要作用。
4、由此可以看出，虽然城市医疗保险和农村合作医疗都是医疗保险，但城市医疗保险和农村合作医疗还是有很大区别的。首先，它是针对人群的。其次，由于是支付费用，城镇医疗的报销比例也与农村合作医疗成正比，但它们是同一种医疗保障，可以根据户籍和需要购买。新型农村合作医疗制度以下简称“新型农村合作医疗制度”是指由政府组织、引导和支持，农民自愿参加，个人、集体和集体参与的农民医疗互助制度。
