东莞南山文理实验学校校徽是企鹅。企鹅兄妹文文、理理。
1、文文和理理的整体形象卡通呆萌可爱，符合中小学生的年龄特点和审美角度。
2、企鹅兄妹的主体颜色为蓝色，与深圳市中小学生的校服颜色匹配，是深圳学子的标志性符号。
3、女孩头上的礼仪花（蝴蝶结）象征着文理实验的孩子们有礼有节、传承礼仪。男孩头上的聪明发寓意文理实验的孩子们聪明伶俐、上进好学。礼仪花和聪明发也让文文、理理的形象更显生动活泼。
4、文文和理理胸前的小领结、领带和文理实验校徽让人印象深刻，符合学生的身份特质，同时又突显出文理学子（女生温婉内秀、男生阳光儒雅）的贵族绅士气质。
