上海黄金交易所实物交割涉及的费用有四项，分别为交割费、仓储费、运保费、出入库费。
交割费是指参与实物交割的会员及客户向交易所交纳的交割手续费，交易所向参与白银交割的会员及客户收取交割费，交割费的计算公式为：交割费 = 交割费率 X 实物交割标准重量，白银交割费率为 1 元 / 千克。
仓储费是指定仓库保管实物产生的保管费用。交易所指定仓库执行统一仓储费标准，清算重量为实物标准重量。仓储费由交易所代收代付，黄金、铂金的剩余库存的仓储费为 1.8 元 / 千克·天;黄金、铂金的买入货权的仓储费为 0.6 元 / 千克·天，实物出库日为 1.8 元 / 千克。银锭的仓储费率为：0.011 元 / 千克·天。交易所对个人投资者账户中持有的实物黄金免收仓储费。
运保费是指交易所统一调拨各指定仓库实物产生的费用，仅在客户发生剩余库存的卖出交割及买入货权的出库申请时收取。金锭、金条、Ag99.99 银锭由交易所负责统一调运，其中金锭、100 克金条、Ag99.99 银锭运保费由买卖双方共同承担，50 克金条运保费由卖方承担。金锭、100 克金条运保费率为 0.06 元 / 克，50克金条运保费率为 0.12元 / 克，Ag99.99 运保费率为 5 元 / 千克。
出入库费，会员在指定仓库存入实物或提取实物时，需向指定仓库支付入库费和出库费。金锭、金条、铂锭入库费率及出库费率均为 2 元 / 千克，不足 1 千克的按 1 千克计收。银锭的入库费率及出库费率为 0.09 元 / 千克。出入库费由指定仓库直接收取。
