公司该操作法人不同意，可以按照以下方式处理：1、公司注销法人不同意可以先了解注销工作的法律规定，为企业提供更加精准而且依法依规的注销服务，同时为维护企业的合法权益奠定基础。
2、了解法人心态，做好解释工作，及时讲解注销流程、问题及个人疑虑等信息，从而消除法人的疑虑。
3、坚持处理注销程序，千万不能妥协，在法律程序和流程上做得精细、有条理。
3、考虑请律师协助处理注销工作，以更加专业的态度来指导及为企业解决法律问题。
4、依法维权，向相关部门作出申诉，通过法律程序来为自己及企业利益做出维权努力。
