根据相关资料查询显示，自然水渠填平是村委会和水利部门负责。村委会的主要职责：
1、编制并实施本村经济和发展规划及年度计划，管理村级财务。
2、支持和帮助农村合作经济组织依法独立进行经济活动，保障集体经济组织和村民承包经营者的合法权益。
3、按照规划搞好乡村建设，改善村容村貌，发展公益事业，搞好公共卫生，改善居住环境，提高村民健康水平。水利部门主要职责：
1、贯彻执行党和国家以及市委、市政府有关水利、水电等工作的法律、法规、方针、政策；起草地方性法规议案、政府规章草案和有关规范性文件并监督实施。
2、拟定并组织实施全市水利工作的方针政策、发展战略和中长期规划。
3、统一管理全市水资源（含空中水、地表水、地下水）。组织拟定全市和跨区县（自治县、市）水中长期供求计划、水量分配方案并监督实施；组织有关全市国民经济总体规划、城市规划及其它重大建设项目的水资源和防洪的论证工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；发布全市水资源公报；主管全市水文工作。
