行政主官任免方式不同、机构地位重要性不同和机构性质略有差异的区别。
1、行政主官任免方式不同。组成部门行政主官的产生程序，一般由提名，报请当地审议，并经常委会任命，才能正式上岗履行法定职责。免去职务同样必须经履行任免程序。直属机构的主官无须报请任免，直接由组织部门和常务会通过任命即可。这是组成部门和直属机构最本质的区别。
2、机构地位重要性不同。组成部门因为是的“组阁”部门，一般都是“大局”、要害部门，比如、财政局、自然资源局等，权重相对较大，地位普遍高于直属机构，尽管，很多直属机构在行政级别上并不低于组成部门。
3、机构性质略有差异。组成部门都是行政单位，其机关在编人员使用行政编制，即是公务员；而直属机构既有行政单位，也有事业单位，不一定全部是行政机关，编制性质上也不全部是公务员。最好查询当地官方网站获得第一手权威信息。
