房屋用地调查中，房屋楼上楼下用途不同时，确定房屋用地方法如下：
1、需要确定该房屋的用地性质，即是居住用地还是商业用地等。
2、对于楼上的部分，需要考虑该部分的用途是否符合当地规划和土地用途规划的要求，符合，则可以将其视为符合用地规划的部分。
3、对于楼下的部分，需要考虑该部分的用途是否符合当地规划和土地用途规划的要求，符合，则可以将其视为符合用地规划的部分。
4、楼上和楼下的用途均符合用地规划要求，则可以将其视为符合用地规划的房屋。
5、楼上和楼下的用途均不符合用地规划要求，则需要进一步调查分析，确定该房屋的用地性质，并根据实际情况提出合理的解决方案。
