两个区，一个县。防城港市有两个区、一个县和一个县级市。它们分别是：
港口区：位于中国大陆海岸线的西南端，南濒北部湾，东邻粤港澳，西与越南隔海相望。截至2020年7月，港口区辖4个街道和3个镇。
防城区：地处防城港市中心位置，北通南宁，南至防城港，东接钦州，西南达中越边关东兴。截至2020年7月，防城区辖3个街道、7个镇和4个乡（其中1个民族乡）。
上思县：地处广西壮族自治区西南部，坐落在风景绮丽的十万大山北麓，与宁明县、扶绥县、钦州市相邻。截至2020年7月，上思县辖2个镇和6个乡（其中1个民族乡）。
东兴市：地处广西壮族自治区南部，东兴既沿边、沿江又沿海，是中国陆地边境线起点、海岸线终点的交汇城市，与越南北部最大、最开放的芒街口岸经济特区仅一河之隔。截至2020年7月，东兴市下辖3个镇。
