员工挪用校外培训机构学费的处理方法有立即停止挪用行为，与校外培训机构联系，启动内部调查，依法追究责任。
1、立即停止挪用行为：一旦发现员工挪用校外培训机构学费，企业应立即采取措施，停止挪用行为并冻结相关账户，以避免损失进一步扩大。
2、与校外培训机构联系：企业应当与校外培训机构联系，了解相关情况，并协商解决办法。企业已经支付了学费，可以尝试协商退款或者转移学习名额等措施。
3、启动内部调查：企业应当启动内部调查，了解员工挪用学费的情况和原因，并采取相应的措施，如停职、调查、撤职等。同时，企业也应该加强内部管理，完善制度规范，防范类似事件的发生。
4、依法追究责任：员工挪用校外培训机构学费涉嫌职务违法，应当依法追究相应的刑事责任。企业应积极配合相关部门进行调查和处理，维护自身的合法权益。
