七个县，没有区。甘南州有一个县级市和七个县，分别是：
合作市：是甘南州的州府所在地，也是全州的政治、经济、文化、科技和金融中心。合作市下辖四个街道办事处和六个乡，总面积2670平方千米。
临潭县：是甘南州的东部门户，也是甘南藏族自治州成立的地方。临潭县下辖三个镇和十三个乡，总面积1557.7平方千米。
卓尼县：是甘南州的最大县，也是中国最大的藏族聚居县之一。卓尼县下辖三个镇和十五个乡，总面积5694平方千米。
舟曲县：是甘南州的重要农业县，也是中国最大的马铃薯生产基地之一。舟曲县下辖两个镇和十八个乡，总面积3010平方千米。
迭部县：是甘南州的重要畜牧业县，也是中国最大的藏羊生产基地之一。迭部县下辖一个镇和十一个乡，总面积5108平方千米。
玛曲县：是甘南州的重要生态保护区，也是中国最大的高原湿地之一。玛曲县下辖两个镇和八个乡，总面积10191平方千米。
碌曲县：是甘南州的重要旅游景点，也是中国最大的藏传佛教格鲁派寺院之一。碌曲县下辖两个镇和七个乡，总面积5299平方千米。
夏河县：是甘南州的重要文化中心，也是中国最大的藏戏表演基地之一。夏河县下辖三个镇和十三个乡，总面积6274平方千米。
