员工自动离职并不等同于公司可以不发放其工资。如果员工的离职给公司造成了实际损失，公司可以在劳动者工资中扣除相应的赔偿金额。然而，不发放工资作为员工自动离职的惩罚是不合法的。
1. 员工自动离职后，公司仍需支付工资。如果离职给公司造成损失，公司可从工资中扣除赔偿金。但扣除赔偿金需合理，且不得低于最低工资标准。
2. 若员工在工作中为个人而非公司工作，双方不构成劳动关系，员工可向法院起诉要求支付劳动报酬。
3. 根据《劳动争议调解仲裁法》和《劳动法》，无论员工离职原因如何，公司都应按月以货币形式支付工资，不得无故扣除或拖欠。员工有权要求支付工资、经济补偿金，甚至在未签订劳动合同的情况下要求支付双倍工资。
员工在面对工资支付问题时，可通过以下途径维护自身权益：
- 向当地劳动监察部门投诉，此途径简单但各地执法力度可能不一。
- 向当地劳动仲裁委员会申请劳动仲裁，仲裁可解决工资及经济补偿等问题，但程序相对较多，需要专业指导。
