土地流转后的征用补偿性质，主要依据流转协议的具体条款而定。
若协议有明确规定，则按照约定执行。
一般而言，若流转仅涉及经营权限的变更，土地补偿费用将归属于所有人即农业集体经济组织；
而安置费则须支付给受安置人员，地上建筑物及农作物补偿费则非于实际投入人。
然而，若流转协议约定征收补偿全归或部分由受让方享有，只要遵循法律法规的强制性准则，便应予以遵从。
司法实践中，务必妥善保存相关证据，如流转协议、土地经营筹资凭证等，保证自身权益不受侵害。
若遇补偿分配之争，可试行和谈、协商、仲裁或诉讼等办法加以化解。
