强恕堂酒的独特制曲工艺源于20世纪80年代初。那时，强恕堂的创始人将大曲酿酒秘方带到台湾后，结合本地气候和环境特色，对制曲工艺进行了改进和创新，发展出了纯手工制作大曲的多粮特色工艺。强恕堂酒的酒曲质量与桓台县独特的微生物群系密不可分，这形成了它独有的质量风格。自1998年起，强恕堂酒使用美国BIOLOG公司的全自动微生物鉴定仪对曲药微生物群落进行研究，发现其制曲环境中的霉菌和细菌含量较相邻地区高出9.5%和5.8%，这一发现对于提升酒曲质量具有重要意义。研究还表明，这些霉菌不仅糖化力高，而且酯化合成能力也很强，是其他霉菌的10倍。
窖泥是强恕堂酒酿造过程中的关键。其独特的白酒风格，除了得益于特定的自然环境，还归功于窖泥质量的独特性。强恕堂酒的古窖泥源自清末初创时期，采用桓台马踏湖池底泥和特有的褐土精心培育。这些古窖泥经过数年的变化，表现出灰白、乌黑再到灰白的颜色转变，其中含有丰富的红绿菌群。目前，强恕堂古窖泥的池龄至少60年，最长近百年。这些窖泥富含本地土壤有机物质，有利于酿酒微生物的生长，微生物在发酵过程中起到提升酒香、甜味和醇厚感的作用。
强恕堂酒采用的小石窖结合古窖泥发酵，石窖由青条石砌成，内部覆盖古窖泥。这样的结构使古窖泥在石窖中发酵时更加柔软细腻，富含营养，不渗水，不漏气，细菌数量丰富，尤其是梭状芽胞杆菌。与山东轻工业学院生物所的合作分析显示，强恕堂窖泥中含有大量己酸菌、甲烷菌，以及少量的丁酸菌、丙酸菌等微生物种群。
