上海健康医学院的王牌专业包括护理学、生物医学工程、医学影像技术、康复物理治疗等。护理学是国家级一流本科专业建设点，生物医学工程、医学影像技术和康复物理治疗是市级一流本科专业建设点。此外，康复治疗是上海高校应用型本科试点专业。学院开设的专业广泛，涵盖临床医学院、护理学院、医疗器械学院、康复学院、医学影像学院、医学技术学院、药学院、健康与公共卫生学院和国际教育学院。
临床医学院提供临床医学本科和专科课程，护理学院设有护理学本科和专科课程，医疗器械学院开设医疗产品管理、生物医学工程、临床工程技术、精密医疗器械技术、医疗器械维护管理、医疗应用技术等本科和专科课程，康复学院有康复治疗学、康复物理治疗本科和康复治疗技术、康复治疗工程技术专科课程，医学影像学院提供医学影像技术本科和专科课程，医学技术学院设有医学检验技术、卫生检验与检疫、口腔医学技术、食品卫生与营养学、眼视光技术、医学检验技术、医学生物技术、医学营养、口腔医学技术等本科和专科课程，药学院有药学、中药学、药品生物技术、药品质量与安全等本科和专科课程，健康与公共卫生学院提供健康服务与管理、公共事业管理、大数据科学与大数据技术、卫生信息管理、计算机网络技术、医疗器械制造与维修、市场销售等本科和专科课程，国际教育学院设有护理（中美合作）专科课程。详情
