在原生动物门里，根据运动胞器、细胞核以及营养方式可以分成4个纲：
（1）鞭毛虫纲。运动胞器是一根或多根鞭毛，例如绿眼虫、衣滴虫。
（2）肉足虫纲。运动胞器是伪足，伪足兼有摄食功能，例如大变形虫。
（3）孢子虫纲。没有运动胞器，全部营寄生生活，例如间日疟原虫。
（4）纤毛虫纲。运动胞器是纤毛，有两种细胞核，即大核和小核，大核与营养有关，小核与生殖有关，例如尾草履虫。
滋养体，一般指原生动物摄取营养阶段，能活动、摄取养料、生长和繁殖，是寄生原虫的寄生阶段。在寄生虫的原虫中该阶段通常与致病作用有关。在血鞭毛虫中，无鞭毛体、前鞭毛体、上鞭毛体和锥鞭毛体以及刚地弓形虫的速殖子和缓殖子都归属滋养体阶段。痢疾内变形虫的大小滋养体结构基本相同，但大小不同。大滋养体运动较为活跃，能分泌蛋白分解酶溶解肠壁组织。小滋养体运动较迟缓，寄生于肠腔，不侵蚀肠壁，以细菌和霉菌为食物。
