房产证上的规划用途是办公，但是实际用途是商业，这样合法吗？该归哪个部门管理呢？

不合法的,由规划部门管理。

规定:被拆迁房屋的用途、建筑面积以房屋所有权证为准,房屋所有权证标明的用途、建筑面积与实际不符的,应在拆迁公告规定的期限内到产权监理部门申请重新确定。如果产权部门对杨先生的房子用途进行重新认定,就按新结果进行补偿,否则按原房屋产权证上标明的用途进行补偿。

房产证(Premises Permit)购房者通过交易，取得房屋的合法所有权，可依法对所购房屋行使占有、使用、收益和处分的权利的证件。

房屋所有者凭证管理和使用自己的房屋。房产证包括房屋所有权证和房屋共有权证，在通常意义上，房产证是房屋所有权证的简称，是由不动产登记机关发放的证明房屋所有权归属的书面凭证。