Masslynx数据处理

1、首先有原始数据和Sample list（拔完UPLC-Q-TOF就拷下来的）

2、先打开Masslynx-File-Project wizard- 新建一个project 命名，选择project的保存位置，project建成后，自动生成以下文件夹：

  其中最后一项为配置设置-总文件

3、将原始数据导入（复制、粘贴）至Project下的Data文件夹，将Sample list放入Sample DB文件夹中

4、因为Sample list比较混乱，含有空白及QC样本并且血样和尿液数据混合在一起，所以要整理Sample list。

5、Open-Sample list-选中原始Sample list-删除空白（必须删除空白），删除QC，分别将尿液中的血液数据剔除，将血液中的尿液数据剔除。

6、得到的尿液数据Sample list另存为LN-Urine-N，保存于Sample DB

得到的血液数据Sample list另存为LN-Blood-N，保存于Sample DB

7、建立血清正确的Sample list后就可以处理数据了

Masslynx-Edit method-property                          value

                     Function                           1

                     Initial Retention Time             0.50

                     Final Retention Time               16.0

                     Low Mass                           100

                     High Mass                          1000

                     Mass Tolerance（Da）               0.05

                     Ose relative retention time        No

                     Apex Track Peak Paramaters 

                     Apply smoothory                    No

                     Coulition Parameters: Noise eff…  0.0

                                           Deiso…      No

！处理尿样时：其他参数与blood保持一致，仅以下改变：

Final Retention Time       12

            High Mass                  1500

8、将设置好参数的method 另存为“blood（或其它）”存放在“METHOD”文件

9、Masslynx-Process Samples-选择

       “project”-选中已经建立的

       “Sample list”-选中所需处理的样品编号

       “Method”编号对应于Sample list中的编号

  Processing options 选中 ☑Detect Peaks

                          ☑Collect Markers

                          ☑PCA

点击OK，即开始处理数据

数据处理过程包括：

数据处理、色谱峰自动识别、峰对齐及归一化等

这一系列过程都是自动完成的

10、自动完成后可以得到

Trend         View

Loadings      View

Scores        View

Chromatogram  View

四种形式的视图

11、将Markerlynx Date set 保存为Markerlynx blood

12、另存 导出markers，对象名称为csv，将csv格式的文件导入SIMCA-P进行PCA、PLS-DA分析。