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晶体结构测定程序简介

来源：动视网责编：小OO 时间：2025-09-27 08:27:54

晶体结构测定程序简介

晶体结构测定程序简介一.程序包SHELXTLPC应包含如下主要程序:1.数据准备程序XPREP.EXE另外还需要有衍射数据:*.HKL文件,晶胞参数和分子式.2.起始套产生程序XS.EXE3.原子挑选,命名XP.EXE4.数据还原及最小二乘修正程序XLS.EXE等流程图:XPREP输入晶胞参数,分子式,得到NAME.PRP和NAME.INS文件↓XS用直接法或帕特逊法求出起始套,得到NAME.RES文件↓XP挑选、命名处理RES文件,得到新的结构文件NAME.INS←↓TED编辑处理NAME.

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导读晶体结构测定程序简介一.程序包SHELXTLPC应包含如下主要程序:1.数据准备程序XPREP.EXE另外还需要有衍射数据:*.HKL文件,晶胞参数和分子式.2.起始套产生程序XS.EXE3.原子挑选,命名XP.EXE4.数据还原及最小二乘修正程序XLS.EXE等流程图:XPREP输入晶胞参数,分子式,得到NAME.PRP和NAME.INS文件↓XS用直接法或帕特逊法求出起始套,得到NAME.RES文件↓XP挑选、命名处理RES文件,得到新的结构文件NAME.INS←↓TED编辑处理NAME.

晶体结构测定程序简介

一. 程序包SHELXTL PC 应包含如下主要程序:

1. 数据准备程序 XPREP.EXE

另外还需要有衍射数据:*.HKL 文件, 晶胞参数和分子式.

2. 起始套产生程序 XS.EXE

3. 原子挑选,命名 XP.EXE

4. 数据还原及最小二乘修正程序 XLS.EXE 等

流程图:

XPREP 输入晶胞参数, 分子式, 得到 NAME.PRP 和 NAME.INS 文件

↓

	XS 用直接法或帕特逊法求出起始套, 得到 NAME.RES 文件
		↓
XP 挑选、命名处理RES文件, 得到新的结构文件 NAME.INS					←
				↓
			TED 编辑处理 NAME.INS 文件
			↓
			XLS 最小二乘修正, 得到修正后文件 NAME.RES (修到R值小于0.05左右.)
			↓
			TED 或 EDIT 看 NAME.LST 文件提示.

二. 数据准备程序 XPREP.EXE

该程序用于对原始衍射数据进行预处理: 当输入晶包参数后,程序会根据数据的消光规律测定空间群; 输入分子式后会产生元素表等,最后产生 *.PRP *.INS 文件,以待往下解结构用. 具体操作如下:

在DOS状态下执行C:>XPREP NAME 回车, 会出现如下一系列提问, 请按例子回答:

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

+ XPREP - RECIPROCAL SPACE EXPLORATION - Version 4.20.1 for MSDOS +

+ Licensed to: UNIV OF CAL SAN DIEGO +

+ CUPY started at 22:27:41 on 9 Aug 1995 +

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

Original cell in Angstroms and degrees:

*注: 输入晶胞参数 a b c α βγ:

15.623 23.756 11.036 90.00 90.00 90.00

4069 reflections read from file CUPY.HKL Mean(I/sigma) = 7.8

1. Lattice exceptions: P A B C I F Obv Rev All

N (total) = 0 2026 2028 2030 2040 3042 2710 2710 4069

N (int>3sigma) = 0 1131 961 1022 1026 1557 1480 1479 2203

Mean intensity = 0.0 50.6 42.7 31.1 53.3 41.4 68.4 72.7 69.0

Mean int/sigma = 0.0 6.9 6.0 5.2 6.9 6.0 7.9 7.9 7.8

Lattice type P chosen Volume: 4095.90

-------------------------------------------------------------------------------

Determination of reduced (Niggli) cell

Transformation from original cell (HKLF-matrix):

0.0000 0.0000 1.0000 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 0.0000

Unitcell: 11.036 15.623 23.756 90.00 90.00 90.00

Niggli form: a.a = 121.79 b.b = 244.08 c.c = 5.35

b.c = 0.00 a.c = 0.00 a.b = 0.00

-------------------------------------------------------------------------------

Search for higher METRIC symmetry

-------------------------------------------------------------------------------

Option A: FOM = 0.000 deg. ORTHORHOMBIC P-lattice R(int) = 0.000 [ 0]

Cell: 11.036 15.623 23.756 90.00 90.00 90.00 Volume: 4095.90

Matrix: 0.0000 0.0000 1.0000 1.0000 0.0000 0.0000 0.0000 1.0000 0.0000

Option A selected

-------------------------------------------------------------------------------

Space group determination

Lattice exceptions: P A B C I F Obv Rev All

N (total) = 0 2030 2026 2028 2040 3042 2713 2710 4069

N (int>3sigma) = 0 1022 1131 961 1026 1557 1477 1480 2203

Mean intensity = 0.0 31.1 50.6 42.7 53.3 41.4 70.0 68.4 69.0

Mean int/sigma = 0.0 5.2 6.9 6.0 6.9 6.0 7.7 7.9 7.8

Crystal system O and Lattice type P selected

Mean |E*E-1| = 1.003 [expected .968 centrosym and .736 non-centrosym]

*注: |E*E-1|值接近0.968为中心对称, 接近0.736为非中心对称.

Chiral flag NOT set

Systematic absence exceptions:

b-- c-- n-- 21-- -c- -a- -n- -21- --a --b --n --21

N 210 211 217 7 152 149 155 9 100 100 104 13

N I>3s 6 58 56 1 51 52 3 1 74 73 69 0

1.5 13.2 12.7 1.4 28.1 28.5 1.5 1.1 128.1 77.5 99.2 1.1

0.6 2.9 2.8 1.0 4.7 4.9 0.5 0.8 14.7 10.8 12.3 0.3

Option Space Group No. Type Axes CSD R(int) N(eq) Syst. Abs. CFOM

[A] Pna2(1) # 33 non-cen 2 903 0.000 0 1.0 / 2.8 11.69

[B] Pnma # 62 centro 3 4 0.000 0 1.0 / 2.8 4.68

Option [B] chosen

2.

-------------------------------------------------------------------------------

*注: 自动选择CFOM值小的空间群.

No. 号为该空间群在国际表中的序号.

CSD 为该空间群在实际晶体中出现的几率.

Determination of unit-cell contents

Formula: [Cu2(C5H5NCH2CO2)4(H2O)Cl](ClO4)3.2H2O

*注: 分子式的原子是双字母的,第二字母要小写.

Formula weight = 1065.35

Tentative Z (number of formula units/cell) = 4.0 giving rho = 1.728,

non-H atomic volume = 16.8 and following cell contents and analysis:

C 112.00 31.57 % H 128.00 3.03 %

N 16.00 5.26 % O 91.20 34.24 %

Cl 16.80 13.98 % Cu 8.00 11.93 %

F(000) = 2159.2 Mo-K(alpha) radiation Mu (mm-1) = 1.40

-------------------------------------------------------------------------------

File CUPY.INS set up as follows:

TITL CUPY in Pnma

CELL 0.71073 15.623 23.756 11.036 90.00 90.00 90.00

ZERR 4.00 0.003 0.005 0.002 0.00 0.00 0.00

LATT 1

SYMM .5-X, -Y, .5+Z

SYMM -X, .5+Y, -Z

SYMM .5+X, .5-Y, .5-Z

SFAC C H N O CL CU

UNIT 112 128 16 91.2 16.8 8

TREF

HKLF 4

END

-------------------------------------------------------------------------------

*注:1. TREF 为直接法, 可在其后加 200～1000 的数, 表示直接法计算200～1000次.

对有重金属的分子, 也可换用帕特逊法PATT.

2. HKL 4 后若有转向矩阵数据要抄下, 第一次XLS修正完后要加回INS文件中.

3. 若有提示:

" *** polar space group -- origin needs to be fixed in Y *** ".

则做完XS后, 把一个原子(通常是重原子)的Y座标加10作固定.

三. 原子挑选,命名 XP.EXE

该程序主要用于对XS.EXE 或XLS.EXE 产生的分子结构粗结果数据 NAME.RES 进行挑选,对其中产生的新原子命名, 删除不合理原子; 看分子立体图形, 输出图形文件, 看键长键角, 及面间夹角等, 具体操作及常用命令如下:

在DOS状态下执行 C:>XP NAME 回车, 表示已调入NAME.RES 数据,

3.

(若在执行 C:>XP NAME.INS 回车, 则表示已调入NAME.INS 数据,)

在提示符:" # " 状态下可执行如下常用命令: (也可键入 HELP XP; HELPFACILITY 等看求助)

# REAP NAME2.INS 把NAME2.INS数据文件读入;

# READ NAME2 把NAME2.RES数据文件非Q值读入;

# FMOL 把所有原子座标(包括未命名的原子Q)读入内存, 以便处理.

# FMOL LESS $Q 除了未命名的各原子Q外, 把所有原子座标读入内存读入内存.

# MPLN/N 找最小二乘平面;

# PROJ 看分子的立体图. 其中右边菜单命令:

看所有原子的名称;

看立体图, 不打名称;

看向左旋转的立体图;

看向右旋转的立体图;

看从下向上旋转的立体图;

看从上向下旋转的立体图;

看平面右旋的立体图;

看平面左旋的立体图;

退出, 回 # 状态. 也可按ESC键退出.

# PICK 逐个挑选、命名原子: 当某个原子名在闪时, 键入新名,按回车. 若是:

按空格键: 留下原名不变; 按ENTER键: 删除;

按←BACKSPACE键: 退回前一个原子; 按ESC键: 以前所做的命令、挑选全作废;

按 /键: 提前结束挑选工作, 回 # 状态;

# INFO C 显示C1～C99 的座标参数;

# PERS 看球棒状分子图.

# ENVI C1 看C1原子与周围原子相连的键长、键角.

# ENVI CU 2 看CU原子半径+2 以内之周边原子;

# UNIQ C1 以后操作只处理与C1相连的那一片分子. ( 按FMOL 后又可处理所有分子.)

# NAME Q1 C1 把Q1命名为C1.

# NAME Q C 把所有Q原子(Q1至Q99)对应地命名为各C原子(C1至C99).

# HADD 给整个分子加氢. ( 可能有个别不合理.)

# HADD 1 给季胺加 H;

# HADD 2 给次甲基加 H;

# HADD 3 给甲基加 H;

# HADD 4 C1 C2 C3 C4 C5 C6 给苯环(C1 C2 C3 C4 C5 C6)加 H;

# HADD 5 给季胺加 H;

# HADD 8 给 O 加 H : O-H;

# HADD 9 给双键端基 =C ,=N 等加 H;

# KILL C1 C2 … 删除C1 C2 … 等各原子.

# KILL Q10 TO Q20 只删除Q10至Q20的原子.(要看FMOL后的表来删.)

# KILL $Q 删所有的Q原子.

# KILL Q1? 删Q1和Q10至Q19的原子.

4.

看环1(C1 C2 C3 C4 C5 C6)与环2(C7 C8 C9 C10 C11 C12)之间的夹角:

# MPLN C1 C2 C3 C4 C5 C6 回车,

# MPLN C7 C8 C9 C10 C11 C12 回车

则显示环1与环2的夹角,及环2(C7 C8 C9 C10 C11 C12)的共面(好坏)因子;

# SORT C1 C2 C3 …, 原子排序;

# SYEN 5655 Ci,C2 把Ci C2 原子按对数号5655找出;

# VIEW 看立体彩图;

# UNDO C1 C2 不连C1与C2;

# LINK C1 C2 连C1与C2;

# GROW CU1 只操作CU1所连的一群;

若O1原子边(0.5)以内有另一原子C4A, 可把O1与C4A取平均:

# ENVI O1 找O1的对数卡(如4656);

# SGEN 4656 O1; 把O1对称性相联的另一O1找出; 得:

# O1A

# CENT/X O1 O1A 取O1 O1A 平均值,得:

# X1A …

# KILL O1 O1A

# NAME X1A O1 。

若某一原子(O1)长在对称操作的另一边, 而要把它长回来, 可如下操作:

# SGEN 4656 O1 回车, 生成O1A

# KILL O1

# NAME O1A O1

# FILE NAME 把以上已修改好的结构数据存回 NAME.INS 中.

此时若有提示: "某原子在特殊位置上"

则要处理好 NAME.INS 中的特殊位置的点. (见 *.INS 文件的处理5.点)

# QUIT 退出, 回DOS状态.

在INS文件中: 要固定CLO4 可加入:

WGHT 0.0001

FVAR 1.63380

DFIX 1.414 0.005 CL1 O1 CL1 O2 CL1 O3 CL1 O4 --- 固定CL1与各O的距离.

.....

CU1 6 0.82720 0.74517 0.05313 10.50000 0.02510

......

END

四. 数据还原及最小二乘修正程序 XLS.EXE

该程序主要用于对已有粗结果的数据进行还原及最小二乘修正, 用计算的数据Fc

与观察的数据Fo 作比较, 两者愈接近则表示修正得愈好, R 因子会下降, 具体操作

如下:

DOS状态下, 键入C:XLS NAME 回车, 运算结束后, 产生NAME.LST和NAME.RES文件,

其中NAME.RES文件是对NAME.INS文件的原子座标进行修正, 且加入待定的原子Q座标.

5.

如下例的NAME.RES文件:

TITL CUPY in Pnma

CELL 0.71073 15.623 23.756 11.036 90.00 90.00 90.00

↓ ↓

X光波长晶胞参数

ZERR 4.00 0.003 0.005 0.002 0.00 0.00 0.00

↓ ↓

晶胞中分子个数误差值

LATT 1 --- 中心对称 ( -1:非中心对称; 1:P; 2:i; 3:R; 4: F;....)

SYMM .5-X, -Y, .5+Z --- 对称卡(国际表中有).

SYMM -X, .5+Y, -Z

SYMM .5+X, .5-Y, .5-Z

SFAC C H N O CL CU --- 元素表

UNIT 112 128 16 91.2 16.8 8 ---对应的原子个数.

HKLF 4 --- 数据格式,若有转向矩阵要加回于此.

MERG 2 --- 平均化

OMIT 4 --- 强度I>4σ

L.S. 4 --- 最小二乘修正次数

BOND 0.5

LIST 1 --- 若数值为 -1 -1 则在.RES文件中打出键长键角.

FMAP 2 --- 差值付里叶.

PLAN 20 --- 产生Q的个数

WGHT 0.0001 --- 权重

FVAR 1.63380 --- 自由变量

CU1 6 0.82720 0.74517 0.05313 10.50000 0.02510

↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓ ↓

原子名元素表序号 X Y Z 占有率温度因子

CU2 6 0.65908 0.74541 -0.01746 10.50000 0.02323

O12 4 0.83283 0.69391 -0.08058 11.00000 0.04246

O61 4 0.82419 -0.02446 0.54905 11.00000 0.25605

......

END ---以上是修正过的原子座标.

---以下是新增加的待定的原子座标(个数由PLAN值定).

Q1 1 0.2794 0.2500 0.4608 10.5000 0.05

Q2 1 0.2094 0.2500 0.3946 10.5000 0.05

......

END

6.

-------------------------------------------------------------

NAME.LST文件例如下:

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

+ XLS - CRYSTAL STRUCTURE REFINEMENT - Version 4.2/360 for MSDOS +

+ Licensed to: UNIV OF CAL SAN DIEGO +

+ CUPY started at 09:37:14 on 12 Aug 1995 +

++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

TITL CUPY in Pnma

CELL 0.71073 15.623 23.756 11.036 90.00 90.00 90.00

ZERR 4.00 0.003 0.005 0.002 0.00 0.00 0.00

LATT 1

SYMM .5-X, -Y, .5+Z

SYMM -X, .5+Y, -Z

SYMM .5+X, .5-Y, .5-Z

SFAC C H N O CL CU

UNIT 112 128 16 91.2 16.8 8

V = 4095.90 F(000) = 2159.20 Mu = 1.40 mm-1

HKLF 4

4069 Reflections read, of which 365 rejected

MERG 2

OMIT 4

L.S. 4

BOND 0.5

LIST 1

FMAP 2

PLAN 20

FVAR 1.564

CU1 6 0.82790 0.74501 0.05146 10.50000 0.02272

CU2 6 0.66025 0.74535 -0.01602 10.50000 0.01979

O12 4 0.83284 0.68797 -0.07488 11.00000 0.06032

O11 4 0.70315 0.68743 -0.12853 11.00000 0.04169

......

END

FMAP and GRID set by program

FMAP 2 -3 20

GRID 22.059 -1 -2 2.941 1 2

Sort-merge for CUPY in Pnma

7.

Inconsistencies

h k l Esd/F Sigma/F N

3704 Unique reflections, R = 0.0000

Overall scale 1.01245 Estimated U = 0.068

Sin(theta)/Lambda 0.00 0.07 0.14 0.21 0.28 0.35 0.42 0.49 0.56 0.63 0.70 0.77 0.84 0.91 0.98

r.m.s.(E) 0.624 0.774 0.883 0.950 0.974 0.990 1.028 1.000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Mean Abs(E*E-1) 0.720 0.883 0.957 1.017 0.935 0.992 1.039 0.984 0.979 0.981 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000

Effective N 1.2 23.0 79.2 169.4 296.5 456.7 655.9 884.8 983.7 153.6 0.0 0.0 0.0 0.0 0.0

1323 Reflections suppressed out of 3704

7.5 seconds elapsed time

Residuals before cycle 1 for CUPY in Pnma

R = 0.2973 Rw = 0.2973 Rg = wR = 0.3484 Rm = 0.3472

N = 2381 NP = 113 Max(NP) = 360 Total NP = 113 S=Goo = 21.0845

UNIT WEIGHTS

Cycle 1

Esd Shift/Esd

2 CU1 X/A 0.82736 0.00041 -1.317

4 CU1 Z/C 0.05273 0.00056 2.260

......

Correlation matrix elements greater than 0.5

3. 5. 0.5774 7. 9. 0.5929 83. 85. 0.6312

25.0 seconds elapsed time

Residuals before cycle 2 for CUPY in Pnma

R = 0.2624 Rw = 0.2624 Rg = wR = 0.3125 Rm = 0.3123(加权残差)

N = 2381 NP = 113 Max(NP) = 360 Total NP =113 S=Goof=18.8812

UNIT WEIGHTS

Cycle 2

Esd Shift/Esd

1 Overall scale 1.61436 0.01805 2.368

5 CU1 U11 0.02421 0.00184 1.0

......

Correlation matrix elements greater than 0.5

3. 5. 0.5863 7. 9. 0.6058 83. 85. 0.6562 99. 101. 0.10

24.9 seconds elapsed time

UNIT WEIGHTS

……

8.

Correlation matrix elements greater than 0.5

3. 5. 0.5949 7. 9. 0.6018 83. 85. 0.6626 99. 101. 0.6503

24.9 seconds elapsed time

CUPY in Pnma

Atom X/A Y/B Z/C K U11 U22 U33 U23 U13 U12 Ueq

CU1 0.82720 0.74517 0.05313 0.50000 0.02510

0.00035 0.00069 0.00048 0.00000 0.00180

......

Residuals before cycle 5 for CUPY in Pnma

R = 0.2582 Rw = 0.2582 Rg = wR = 0.3020 Rm = 0.3019

N = 2381 NP = 113 Max(NP) = 360 Total NP = 113 S= Goof=17.5498

UNIT WEIGHTS

8.0 seconds elapsed time

CUPY in Pnma

Equivalent atoms bonded to unique atoms

x/a y/b z/c Bonded to Generated from

CU1A 0.82720 0.75483 0.05313 CU2 CU1

CU2A 0.65908 0.75459 -0.01746 CU1 CU2

......

Bond lengths and angles

CU1 -CU2 2.740(0.008)

CU1 -O12 1.915(0.026) 80.0(0.8)

CU1 -O21 1.840(0.027) 80.7(0.8) 94.1(1.2)

CU1 -O44 2.380(0.022) 176.4(0.6) 97.5(1.4) 102.1(1.5)

.....

DIFFERENCE Map 1 for CUPY in Pnma

Maximum = 322.18, Minimum = -69.14

Multiplied by 22.7087 (Scan 2)

*注: 要求修到MULTIPIED值大于MAXIMUM值, 且|MAXIMUM|值与|MINIMUM|值接近.

7.3 seconds elapsed time

Atom Height x/a y/b z/c S.o.f. Molecule Elevation

CU1 0.8272 0.7500 0.0531 0.5000 1 3.79

CU2 0.6591 0.7500 -0.0175 0.5000 1 3.79

O12 0.8328 0.6939 -0.0806 1.0000 1 2.65

O11 0.7005 0.6901 -0.1261 1.0000 1 2.58

......

8.

*注: 以下是各Q原子的权重值, 可见Q1=322 大于Q2…Q5许多, 所以Q1应是一还没定义

的原子.

1 322. 0.2794 0.2500 0.4608 0.5000 3 1.28

2 123. 0.2094 0.2500 0.3946 0.5000 3 1.20

3 113. 0.5247 0.2500 0.5983 ** 0.036 from O44

4 101. 0.2451 0.2500 0.5691 0.5000 3 0.67

5 79. 0.3313 0.2031 0.4359 1.0000 3 0.67

6 70. 0.6077 0.7500 -0.0220 0.5000 1 3.80

......

Bonds (including symmetry related atoms)

CU1 -CU2 2.74 CU1 -CU2 2.74 CU1 -O12 1.99 CU1 -O12 1.99 CU2 -O11 1.97 CU2 -O11 1.97 CU1 -O21 1.92

CU1 -O21 1.92 CU2 -O22 1.98 CU2 -O22 1.98 N1 -C12 1.49 O21 -C21 1.17 O22 -C21 1.27 N2 -C22 1.57

Molecule 1 for CUPY in Pnma

Matrix -0.7172 -0.0249 0.69 0.6968 -0.0128 0.7172 -0.00 0.9996 0.0265 Scale = 0.833 inches per Angstrom

......

CUPY in Pnma

Most significant deviations

h k l Fo Fc d/Sigma

1 1 1 181.34 379.31 11.28

0 4 0 261.40 68.66 10.98

0 2 0 214.46 72.63 8.08

1 3 1 145.58 286.99 8.06

4 4 0 149.50 11.91 7.84

......

*注: 要求修到各d/Sigma值小于10.

或把大于10的 h k l值截止, 不让其参加修正: 在INS文件中加入相应的

OMIT H1 K1 L1

OMIT H2 K2 L2

......

Analysis of variance for CUPY in Pnma

ggg ugg gug uug ggu ugu guu uuu All

N 397 217 307 285 293 328 257 297 2381

V 2526 1301 1180 1162 1513 1354 1523 2175 1713

Sin theta 0.00 - 0.18 - 0.23 - 0.26 - 0.29 - 0.32 - 0.34 - 0.36 - 0.38 - 0.41 - 0.43

N 265 269 207 260 261 213 223 215 325 143

V 3841 1860 1448 1336 1237 1076 954 926 682 661

10.

Sqrt(F/Fmax) 0.00 - 0.18 - 0.20 - 0.22 - 0.23 - 0.25 - 0.27 - 0.30 - 0.33 - 0.40 - 1.00

N 293 281 287 126 258 227 260 1 243 217

V 1114 998 972 997 1027 1263 1371 1620 1923 3974

*注: SPRT中, 要求把V值修到头尾值相近, 若头值大于尾值, 则INS文件中的权重WGHT值减少;

若头值小于尾值, 则权重加大.

Abs(h) 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 REST

N 123 199 232 187 200 157 158 186 173 138 116 90 84 88 250

V 3328 2382 1926 1636 2172 1513 1468 1300 1233 1111 1114 1273 1456 1022 855

Abs(k) 0 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 REST

......

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

+ Finished at 09:39:17 Total elapsed time: 123.58 secs +

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

常见NAME.INS文件处理方法:

例:

TITL TMP in P-1

CELL 0.71073 9.535 13.194 14.854 96.50 107.26 91.19

ZERR 2.00 0.002 0.003 0.003 0.03 0.03 0.03

LATT 1

SFAC C H N O CL MN

UNIT 70 56 14 16 4 2

HKLF 4

MERG 2

OMIT 4

L.S. 10 1 100

LIST 1

FMAP 2

固定吡啶环:

DFIX 1.380 0.005 C1 C2 C2 C3 C3 C4 C4 C5

DFIX 1.280 0.005 N1 C1 N1 C5

固定高氯酸根(不修正):

DFIX 1.414 0.005 CL1 O1 CL1 O2 CL1 O3 CL1 O4

↓ ↓ ---- ---- ---- ----

键长误差要固定的原子

11.

固定高氯酸根且修正:

DFIX 21 0.005 CL1 O1 CL1 O2 CL1 O3 CL1 O4

DFIX 21 0.005 CL2 O5 CL2 O6 CL2 O7 CL2 O8

│ │ ----- ----- ----- -----

│ ↓ ↓

↓ 误差. 要修的俩俩原子.

键长放在第二个自由变量值中修.

DFIX 31 0.005 O1 O2 O1 O3 O1 O4 O2 O3 O2 O4 O3 O4

DFIX 31 0.005 O5 O6 O5 O7 O5 O8 O6 O7 O6 O8 O7 O8

↓ ---- ---- ---- ---- ---- ----

键长放在第三个自由变量值中修.

PLAN 10

WGHT 0.001000 0 0 0.0000

FVAR 1.50253 1.34483 2.19602

↓ ↓ ↓ ↓

自由变量 1 2 3

BLOCK 1 --- 若变量大于360个,则要分区.否则在.LST文件中看到如下信息:

" ......

** ERROR

TOO MANY INDEPENDENT VARIABLES FOR LEAST-SQUARES

MAXIMUM NUMBER ALLOWED IS 360

USE LARGER STORE

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

+ Finished at 11:56:55 Total elapsed time: 15.65 secs +

+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++

"

ANIS 20 ---- 当R因子修得较小时,可加入各向异性修正.

└→ 以下20个原子做各向异性修正(每原子只做一次,以后不用再做).

MN1 6 0.366 0.73294 0.270 11.00000 0.057

CL1 5 0.44508 0.30143 0.095 11.00000 0.07809

CL2 5 -0.05442 0.23816 0.45338 11.00000 0.09636

O1 4 0.42297 0.38668 0.04799 11.00000 0.29399

O2 4 0.41551 0.21868 0.02421 11.00000 0.20235

O3 4 0.35902 0.29667 0.14625 11.00000 0.20356

O4 4 0.58791 0.30249 0.14314 11.00000 0.09599

O5 4 -0.00873 0.26382 0.38145 11.00000 0.27194

O6 4 0.03265 0.28743 0.53567 11.00000 0.19266

......

12.

BLOCK 2 --- 分区二

C22 1 0.59395 0.83461 0.58236 11.00000 0.10188

......

AFIX 3 --- 理论加氢后,此氢自动固定.

H24A 2 0.14418 0.63173 0.36636 11.00000 10.08000

AFIX 0

......

固定苯环:

AFIX 66

C10 1 X Y Z ......

C11 1 ......

C12 1

C13 1

C14 1

C15 1

C16 1 ......

C1 1 0.44451 0.90687 0.15819 11.00000 0.07580 0.08288 =

0.07428 0.02811 0.00622 -0.00057

--- 做了各向异性后(ANIS),多了五个参数.

......

END

另外请注意:

1. 权重是否调好?(看.LST中的Sqrt(F/Fmax) V 项数据要头尾相近.)

2. 一般原子的温度因子不能太大(应近0.05), 若太大则给出的原子可能太重;

若太小则给出的原子可能太轻.

高氯酸根的氧的温度因子一般都是较大,难修下来.

3. 若怀疑某原子放错了, 可以把该原子的占有率放开(11.000改为1.000), XLS修

正后, 得新的占有率, 则可算得该原子的原子序数为:

X=旧原子原子序数×新占有率/旧占有率(1.000).

4. 修次级消光等:

WGHT 0.0005 2 0 0.000

↓ │ │ └→修权重.

权重 │ └→修绝对构型(手性分子).

└→修次级消光,放在自由变量第二项(否则R下降,但.LST中maxFVAR 1.00 0.002

↓ └→ 1项 └→ 2项

自由变量

5. 若挑选原子(XP)完后, 出现"某原子在特殊位置上"的提示, 则说明该原子是在晶胞的角上(占有率为10.25),或在面上(占有率为10.5)等, 要固定该原子座标, 在

INS文件中, 一般做法是: X Y Z 值是0.00000, 0.50000, 0.25000, 0.333333, ......

等有理数, 座标要加10; 复杂的要查国际表找回相应的空间群的对称卡.

13.

框图:

┌───────────────────────────────┐

│ XPREP 输入晶胞参数, 分子式, 得到 NAME.PRP 和 NAME.INS 文件 │

└────────────┬──────────────────┘

↓

┌────────────────────────────┐

│ XS 用直接法或帕特逊法求出起始套, 得到 NAME.RSE 文件 │

└────────────┬───────────────┘

↓

┌────────────────────────────┐

│ XP 挑选、命名处理RES文件, 得到新的结构文件 NAME.INS │←─┐

└───────────┬────────────────┘ │

↓ │

┌────────────────┐ │

│ TED 编辑处理 NAME.INS 文件 │ │

└───────┬────────┘ │

↓ │

┌───────────────────────┐ │

│ XLS 最小二乘修正, 得到修正后文件 NAME.RES │ │

│ (修到R值小于0.05左右.) │ │

└──────────┬────────────┘ │

↓ │

┌──────────────────────┐ │

│ TED 或 EDIT 看 NAME.LST 文件提示. ├───────┘

└──────────────────────┘

晶体结构测定程序简介

晶体结构测定程序简介一.程序包SHELXTLPC应包含如下主要程序:1.数据准备程序XPREP.EXE另外还需要有衍射数据:*.HKL文件,晶胞参数和分子式.2.起始套产生程序XS.EXE3.原子挑选,命名XP.EXE4.数据还原及最小二乘修正程序XLS.EXE等流程图:XPREP输入晶胞参数,分子式,得到NAME.PRP和NAME.INS文件↓XS用直接法或帕特逊法求出起始套,得到NAME.RES文件↓XP挑选、命名处理RES文件,得到新的结构文件NAME.INS←↓TED编辑处理NAME.

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